清境農場勘稱台灣最大的違建風景區，而且六成土地位於「山崩與地滑地質敏感區」，是一個高災害風險區。然而這裏每年有上百萬遊客直接曝露在風險中，南投縣政府不處理違建，卻在兩年前提出「新訂清境風景特定區計畫」，試圖讓違法就地合法而且還擴大。內政部區域計畫委員會上月底做出決議：「清境不適宜做為都市發展用地」。南投縣再無理由不處理違法，否則將涉及瀆職。
依《都市計畫法》第20條規定，都市計畫如位於區域計劃範圍內，應先徵詢區域計畫機構意見。以清境這個案例來說，目前屬於「非都市土地」，要提變更成「都市土地」計畫前，應先徵詢主管非都市土地的區域計畫委員會意見。
簡單講就是，地方政府如果要對原本沒做都市計畫的地方擬定一個都市計畫，需要先經內政部區域計畫委員會審查「同意」後才能訂定。即便這個審查權在法條字義上是說「徵詢意見」，但只要區域計畫委員會沒同意，南投縣政府如果還是執意推動，未來都市計畫送到內政部都市計畫委員會審查時，還是會被否決。
政大地政系助理教授戴秀雄就說：「內政部區委會做出『不適宜』這麼明確的決議，對南投縣政府幾乎是毀滅性的」。但事後南投縣長林明溱又說，區委會的審查決議沒有准駁權，未來還是依原訂計畫推動。
而且，經濟部地調所都已經說明清境六成土地位於「山崩與地滑地質敏感區」，南投縣官員卻硬要說《地質法》並沒有限制或禁止土地開發，只是要求加強調查及注意可能災害，簡直是執迷不悟。
《指違法要新訂都市計畫才能解決，是推拖之詞》
1999年九二一大震造成台八線中斷，省道台14甲線變成中部地區及往來花東的重要動線，也因緣際會帶動清境農場的發展。2001年12月《民宿管理辦法》發布實施後，農舍可做為民宿使用，清境的民宿更快速增加。
目前清境農場109家民宿，八、九成業者都依上述辦法，以農牧用地申請興建農舍做為民宿使用，但之後又違法擴建，約九成五以上的民宿，客房數及總樓地板面積都有擴建及超限利用的情形。
此外清境農場位於霧社水庫集水區，但區內無自來水系統跟取水口，民宿業者私自接管使用山泉及溪水，處處可見凌亂的蓄水槽跟輸水管線配置。當地沒有污水下水道系統，污水任意排放，大量土砂沖刷入霧社水庫，導致水庫淤積嚴重。
南投縣不積極處理違法，反而提出特定區計畫，在多次會議中表示，清境現在屬於非都市土地，採被動的開發許可制，管制較為鬆散，才會造成民宿過度發展。變更成都市計畫後，就可以解決目前的違法問題。但這根本是推拖並故意誤導。
