而白色恐怖的進行過程，則是蔣介石「自導自演的悲劇腳本」，不僅《懲治叛亂條例》本身違法、審理的過程也違法，好比法官審判後仍需經過蔣介石這一關，「憑他自己的意思，隨便人家就5年、10年、判死刑，判決書上都寫得很清楚」。
郭振純說，這時的政策為「寧可錯殺一百，也不願漏掉一個」，搭配檢舉獎金，讓各處都充斥著打小報告的「抓耙仔」，不論是「匪諜」共產黨員或者反抗政府的台獨份子，全都是羅織入獄的目標。郭振純指出，當時政府對於赤色背景的匪諜較嚴厲、對台獨的懲罰則較輕，不過為了羅織郭振純輔選的無黨籍台南市長葉廷珪入獄，對於郭振純的追查便更為積極，希望能將葉廷珪以台獨首腦定罪，不過在郭努力忍受極刑、死不屈服的意志下，特務始終無法見縫插針。
不論共產或台獨 郭振純：人要走自己的路
談起自己的台獨理念，郭振純提起1951年左右依據《台灣省自治條例》所舉辦的第1屆縣市長選舉。當時負責籌辦地方自治事務的台灣省民政廳廳長楊肇嘉巡迴全台，講解選舉的重要性，郭還特別到台南全成戲院聽楊肇嘉演講，儘管現場坐了台南市長、台南市警察局長及國民黨台南總部主委等大官，楊肇嘉仍然無畏地在台上說出了「地方自治對我們來說是非常重要的事情，我們一定要贏……趕快學習要怎麼來管理台灣，如果我們做好了，就可以把這些豬仔（指國民黨官員）趕到海裡」的結論。郭振純說，當時白色恐怖尚未正式開始，這句話讓他印象深刻，也加深了他走這條路的勇氣及信心。
也許郭振純的台獨背景，會讓部分人士對他畫上「反中共、反共產黨」的等號，不過實際上郭振純在年輕時，也閱讀大量的社會主義書籍，好比《資本論》、《列寧論文集》等，他描述當時學生閱讀課外書籍的風氣分為硬派及軟派兩類，軟派者傾向閱讀愛情小說，硬派者則關心資本家剝削農民等的社會議題、支持社會正義，當時與硬派學生交好的他，也自然地傾向閱讀社會主義書籍。
至於曾經鍾情社會主義的郭振純是否曾考慮加入共產黨？郭則說，「我不是要支持共產黨啦！」郭認為共產黨也好、社會正義也好，如果沒有自己的理想也是白費，支持共產黨也只是做共產黨的奴才而已，對共產主義沒有貢獻。他說，不是說共產黨、社會主義比較好，我有理想、走自己的路，「他們那種的都是寄生蟲啦！對共產主義也不會有貢獻！」
郭振純認為，最重要的是「人必須體悟到自己是個獨立的人」，而不是輕易受組織操弄，好比台灣共產黨的代表人物謝雪紅是標準的共產主義者，但也同時提倡台灣自治而受中共打壓，不像許多統派打著共產主義旗幟，實際上只是指望由共產黨來養他們，而成為共產黨寄生蟲。
