行政院則認為，雖然上述條文失效，但依法核電廠延役要在除役期限前五到十年提出申請，核一與核二廠已來不及申請；核三廠則要在一九年前提出申請，但申請作業評估需四、五年，時間來不及，而核四商轉需六、七年。所以二○二五非核家園目標不變。
事實上，核三廠執照是二五年到期，如果現在提出延役申請還來得及。就算審議過程拖延而無法延役，因為第七案要求「平均每年至少降低一％」、第八案要求「停止新建、擴建任何燃煤發電廠或發電機組」的限制，除非綠能發電在未來幾年有比預期快的成長，否則即使實現非核家園，台灣也將陷入缺電危機。因此，政府選後加速與風電業者簽約有其迫切感。
執政者無力辯護讓能源三案過關
這三案過關，民進黨政府要負很大責任。深澳電廠效能早受質疑，但行政院卻拖延不宣布停建，直到換到觀塘天然氣接收站才說「重新評估」此案，也未直接宣布停建。這讓第八案「反燃煤發電」找到著力點。
民進黨政府其實可針對「以核養綠」可行性做出具體質疑──最根本問題是核廢料貯藏問題無解，沒有地方政府會同意把核廢料放到它那裡，但民進黨政府並未強力為自己的政策辯論。
至於第七案「反空汙」主張看似無人會反對，其實這並非嚴謹的提案。盧秀燕原提案「逐年降低火力發電廠發電量」，但到底每年要降多少並未說明，因而遭前環保署副署長詹順貴要求補正。後來提案改為平均每年至少降一％，但是火力發電包括燃煤和燃氣，到底要降哪個也未說明。
火力發電一年要減多少才符合台灣用電需求？這是科學論證問題，但再一次，民進黨政府沒能好好做政策辯護。
核食公投過關，ＣＰＴＰＰ無望
第九案「反核食」影響到台日關係、台灣加入跨太平洋夥伴全面進步協定（ＣＰＴＰＰ）進程。
核食問題涉及世界貿易組織（ＷＴＯ）可能對台灣制裁。ＷＴＯ已認定南韓禁止福島食品進口涉歧視，此案南韓還在ＷＴＯ上訴中。台灣依公投結果兩年內不准福島食品進口，也可能遭日本在ＷＴＯ提訟。日本若勝訴，將可對台灣進行貿易報復。
台日關係也將因此陷入低潮，日本外相河野太郎已於十二月六日表明，台灣無望加入ＣＰＴＰＰ，此外，台日《經貿夥伴協定》（ＥＰＡ）在未來兩年內也一定無解。
福島食品安全也是個科學論證問題，民進黨政府又再一次沒好好說明，更沒有說明禁福島食品在經貿外交層面的後續影響。蔡英文只要求日本友人體諒民進黨政府處境，不要為難；但就外交而言，日本為何要體諒民進黨政府？
第十、十二案「反同婚」，第十一案「反性平權教育」，和蔡英文當初競選的承諾相違，而且前兩案有違憲之虞。
第十、十二案得以成立，部分拜取消公民投票審議委員會之賜。這兩案最後能在中選會成案，是因中選會只「協助提案人進行必要之補正」。結果提案人補正玩文字遊戲，在被質疑違背大法官會議解釋的部分，加了「民法」兩個字過關。在公投案文字上，提案者不反對同婚，但在對外宣傳動員時卻是訴求違憲的反同婚。
仔細看綠色執政縣市在幾項公投案的投票結果，更值得玩味。上述通過的公投案，民進黨所有執政縣市贊成票都多於反對票。第七、八、九案通過，還可以說是民眾環保與食安意識強。但非核家園、性平權都是蔡英文競選時標榜的理念、政見，為什麼當初支持她上台的民眾如今會反對她的主張？而民進黨執政的縣市也沒有在執政四年間深化這些理念？
