九合一選舉併公投選務惹民怨，朝野立委紛紛提案修正公民投票法，有立委提案將每年8月第4個星期六訂為公投日，當年度公投統一舉行；另外也有多位立委認為，公投提案不得違反憲法保障人民權利義務。
11月24日九合一選舉投開票日，與10案全國性公投同日舉行，民眾大排長龍，直到投票時間截止仍繼續排隊，有的投開票所已完成投票，開始開票，引發是否影響投票意願、選舉公平性等爭議。
「明定法定公投日，也列為國定假日」
選後朝野立委也分別提出公投法修正草案。關於公投是否合併大選舉行，民進黨立委施義芳提案，將每年8月第4個星期六為法定公投日，當年度須辦理的公投案統一在這天舉行，公投日也訂為國定假日。
國民黨立委李彥秀則提案指出，為節省選務支出經費與提高投票率，公投案宜與全國性選舉合併舉辦，為避免行政流程延宕、提交連署書期限等爭議，草案明定，主管機關應於每次舉辦全國性選舉1年前，公告若欲與當次全國性選舉合併舉辦的公投案，最遲繳交連署人名冊的期限，以利領銜人按時繳交名冊，杜絕爭議。
民進黨立委李俊俋提案指出，現行法規定，主管機關應在公投前28日公告公投事項，他提出的草案則明定，公投案須於公告後3個月，才能進行投票，使社會討論能有充足時間；民進黨立委蘇巧慧提案，公投案公告成立6個月後，才得舉行公民投票，公投應與全國性選舉同日舉行。
另外，為避免死人連署情形出現，李俊俋提案指出，為便利戶政機關查對提案人、連署人名冊，防範謄抄、偽造等情事，因此草案明定，提案人應檢附足資證明為本人的證明文件影本，以供查對。
「公投提案不得侵害憲法保障基本權利」
對於聯合國官員批評同婚公投，認為人權不該表決，國民黨立委許毓仁提案指出，以公民多數決的方式決定基本人權議題，法理上雖非全然禁止，但有發生「多數暴力」之虞，公投議題設立不應有侵害憲法上所稱基本權利情事。因此草案明定，公民投票的提案不得侵害憲法上所保障之權利，以落實憲法基本人權之保障。
蘇巧慧也提案，明定公民投票涉及人民之權利義務者，不得違反憲法之規定；民進黨立委林靜儀提案指出，公民投票提案不得違反憲法第二章所保障人民之權利義務規定。
蘇巧慧提案中也增訂，為避免影響公民投票的正當性及民主選舉公正性，公民投票的提案人，不得為同日舉行投票的公職人員候選人。
中選會日前也表示，針對公投是否合併大選、公投案主文字數、防止死人連署等，將以最快速度提出公民投票法修正草案。但因立法院本會期已經結束，相關公投法提案都將留待新會期再行處理。
