2018年11月九合一地方性選舉後，執政的民進黨在22席縣市長從原有13席銳減到6席，輔以高雄、臺中、彰化、宜蘭、雲林等倍具執政優勢縣市也都翻盤，一個相當於檢視民進黨全面執政兩年成績的期中選舉，等同從民意上重挫民進黨支持度，在蔡總統辭去黨主席後，所有檢討聲浪湧向以賴清德為首的行政院團隊，這看似內閣執政不力的結果，背後卻藏著我國長久以來憲政設計上的隱憂。
我國在1997年修憲以前，行政院與立法院的關係原傾向內閣制中行政權及立法權的關係，依憲法第55條第1款：「行政院院長，由總統提名，經立法院同意任命之。」第57條：「行政院對立法院負責」；修憲後，取消立法院對總統提名行政院長的同意權，行政院長改由總統直接任命，且無需立法院同意，從某個角度而言，等同於將行政院長的去留均取決於總統意志，於是總統的影響力即可伸入各部會，邏輯上行政院長相當程度扮演貫徹總統政見和政策的執行長；然當立法院對行政院發動不信任案時，總統又可以依法解散國會，立法委員忌憚提前改選的龐大選舉經費及選舉結果不確定性，不敢輕易倒閣，職是之故，不論從那個角度來看，形成行政院長有責無權、總統有權無責的憲政設計，隱約擴張了原有憲政設計中總統的權力範圍。
我國現行府院體制係於1997年修憲時，參考當時法國「雙首長制(hybrid system)」，又稱為「半總統制(semi-presidentialism)」，通過國民黨及民進黨共稱的「改良式雙首長制」。回顧前法國總統戴高樂鑑於共和時期議會民主的經驗教訓，1958年提出第五共和憲法草案中首創，國家行政權歸屬是傾向總統制的完全執政或內閣制的左右共治，取決於全國性選舉的民意結果，此舉使總統須依全國性民意決定內閣總理人選及其去留，其目的在於加強行政部門的穩定性及部長的責任，而總統作為國家元首亦有其特定職權範圍，此種設計兼顧法國傳統代議政治與總統作為國家元首的政治藝術；進一步探討我國「改良式雙首長制」，這樣的制度設計在2000年民進黨首度執政後，陳前總統主政時期，2000年「九人小組擴大決策會議」及2002年「七人小組黨政合議高層會議」，馬前總統主政時期，2008年「五人小組府院黨高層會議」，都另設體制外高層會議作為總統參與行政決策的運作平臺，凸顯當時的政府運作已經出現扞格，逐漸顯露出制度上的困局。
2016年取得完全執政的蔡總統，也仿效陳、馬兩位前總統設置了體制外機制，將行政院正副院長納入「執政決策協調會議」，針對原屬行政院掌管的重要事項做出實質決策，無論是九合一大選前年金改革、一例一休、深澳電廠等議題，把蔡總統意志和內閣團隊的運作銜接起來，選後更藉由迴廊談話直接指導政策，使蔡總統成為實質上的最高行政首長。值得注意的是，此舉除與現行憲法規定不盡相符，引發弱化現行憲政體制內行政院院會功能外，隱然也有破壞權力制衡與脫離監督機制之虞，最明顯的例證，2014年的江宜樺內閣與此次賴清德內閣，都因施政民怨導致敗選後下臺，但實質上也都是時任總統的意志執行者而已。
