雙重國籍、技術股之門皆因翁而開
除此之外，二００七年通過的《生技新藥產業發展條例》，除了讓生技新藥可以享受研發和投資租稅抵減，也讓主要提供技術的研究人員得持有公司創立時百分之十以上股權，並得擔任創辦人、董事長或科技諮詢委員，不受公務員服務法的限制，這差不多就是「中研院條款」了。套用前經濟部長尹啟銘的說法，「從此，全國最高學術研究機關和企業的利益、股票、股價糾纏不清。」尹衍樑甚至可能成為今年的中研院士候選人，豈不坐實了「生技產業逐漸形成由特定學閥、財團、政治人物所構建的新利益共生系統」之說？然而，這一切除非查到內線交易影響股市、或股票實際屬翁啟惠所有的具體證據，否則很難在法律上追查到翁的責任，即便於法可容，翁和中研院卻一再強調沒有股票、沒拿技術股，偏偏股票竟在女兒手上，於政治道德和社會觀感，翁的確百口難辯。
翁啟惠兩任院長分別由陳水扁和馬英九兩位前現任總統任命，今年十月任期屆滿，馬英九總統或若有心處理，根據立法院未通過的交接條例或政治默契，中研院長都屬政權過渡期間不宜處理的重大人事，不論處理或不處理，或許都還得與總統當選人蔡英文商議。
往者已矣，更值得關切的是，這二十年來或許是政策風向使然，功利氣氛從中研院一路瀰漫到大專院校，中研院、科技部不是生物技轉就是新創，現在連教育部長人選都是「科技技轉王」，行政院長還是法定獨董兼到滿，從權力者到知識份子，從腦袋到脊樑骨都埋進錢坑，對自許要照顧公平正義的蔡政府實為警訊，不容漠視，蔡政府若不能在利益迴避上釋眾疑，對未來的產業政策推動必然造成不利影響。
