就在9月4日雷震案四人被逮捕的當晚，軍事檢察官都還沒有完成偵訊工作乃至還沒有開始偵訊，一度參加過汪精衛政權的中國國民黨中央常務委員陶希聖，便率同該黨中央黨部第四組主任曹聖芬、行政院新聞局長沈錡，宴請各報社負責人，當場散發一本早就印製好的小冊子：《自由中國》半月刊違法言論摘要，展開醜化雷震案、未審先定罪的宣傳工作。
從9月6日起，警備總部政治部主任王超凡，也在偵訊工作還沒有完成甚至還沒有正式開始，就公開宣稱：「劉子英是匪諜，雷震牽涉在內。」所有的這些動作，都在在顯示該案是經過精密設計，而且是早已就定了罪的。
雷震的所謂罪名主要有兩項，一項是「知匪不報」，即所謂明知劉子英為匪諜而不告密檢舉；一項是「為匪宣傳」，即所謂「連續以文字為有利於叛徒之宣傳」。前一部份的罪證，純粹是以劉子英的所謂自白書為憑；後一部份的罪證，純粹是以『自由中國』半月刊三年來所發表的文章為憑。
這兩項所謂罪證，都是蓄意製造出來的。根據多年後公開的監察院五人專案小組調查報告指出，劉子英的所謂自白書是「迭經補充六次」而成。因此，軍事法庭審訊時，非僅不准雷震要求與劉子英對質，甚至不准雷震的辯護人梁肅戎要求向劉子英詢問。而所謂「連續以文字為有利於叛徒之宣傳」，警備總部判決書的論斷是：
「被告雷震所發行之『自由中國』半月刊，妄指政府反攻大陸政策與號召，為自欺欺人、自誤誤人之詞，故意散布悲觀無望論調，打擊反共意志」。
同案傅正的所謂罪名，只是兩篇文章，一為1960年2月16日在該刊發表的專論《護憲乎？毀憲乎？—望國大代表作明智的抉擇》，一為同年3月1日的《豈容『御用』大法官濫用解釋權？》，兩篇文章的主旨全在反對總統連選連任不受憲法第四十七條限制的修憲連任運動，但警備總部卻認為他是在「挑撥分化，破壞法統，阻撓國民大會集會，與匪之統戰策略相呼應，便利匪幫之叫囂」。
全案是在9月24日經軍事檢察官提起公訴，9月26日才將起訴書送出，而軍事法庭於當日下午即開始訊問，10月3日即舉行審判，當日即宣告辯論終結，前後相距僅六日，扣除例假一日，僅為五日。
雷震被判了兩項罪名，因「知匪不報」和「連續以文字為有利於叛徒之宣傳」而分別判處有期徒刑七年，合併執行有期徒刑十年。劉子英有期徒刑十二年，馬之驌有期徒刑五年，傅正交付感化三年。他們不服這項判決，提出上訴。11月17日，國防部覆判庭作初終審判決，除馬之驌改為交付感化三年外，其餘三人都維持原判。傅正被移送感化，但在感訓期滿時，又被以「拒不接受教育」為由，繼續感化三年。
1970年9月4日，雷震十年徒刑期滿出獄，但其入獄期間所寫的四百萬字回憶錄手稿，仍遭軍監強行沒收。1971年12月中撰寫〈救亡圖存獻議〉，提出政治十大建議，其中包括要求將國號改為「中華台灣民主國」（Chinese Republic of Taiwan），次年1月10日呈送至總統府、行政院，未獲回應，台灣國際處境也在蔣家王朝「漢賊不兩立」的政策下，面臨危急存亡的困境。1979年逝世於台北，終年82歲。
1987年台灣解除戒嚴。1988年，他的遺孀宋英向監察院提案重新調查雷震案，在監院準備調查之際，由於雷震回憶錄內容涉及太多蔣介石極權政權的內幕，新店軍監奉命將該回憶錄手稿悉數焚毀，雷震花了十年撰寫的心血就被蠻橫地付之一炬。監察院對雷震案提出彈劾，宋英曾向國防部要求國家賠償，卻皆遭到國防部的駁回。
這樁時稱《雷震案》的冤案，直到民進黨執政的2002年9月4日，才獲得政府的正式平反。
作者介紹｜馬非白
資深新聞工作者，編著有《高雄市黨外風雲》、《近代台灣慘史》檔案等書，現為網路線上媒體經營者。
本圖／文經授權轉載自想想論壇（原標題：【被遺忘的歷史】雷震組黨惹來蔣介石整肅之禍）
責任編輯／林安儒
