然而默克也曾經歷過工業革命、兩次世界大戰、德國分裂統一等政治動亂，也遭逢公司倒閉危機，一度失去全球海外子公司，但它仍能夠歷經百年不衰，從各類的報導中，歸納其原因，除了持續創新、藉由併購進入新興領域外，靠得就是它所設計的家族治理機制、獨一無二的管理機制，以及所堅守的家族理念。（延伸閱讀：靠一瓶威士忌，名列日本十大富豪：這家人堅持股票不上市，為何能傳承百年？）
家族治理：所有權與經營權分離
默克家族的理念是：「整個家族是團結而非爭鬥的，默克公司的永續利益永遠高於家族利益，」因此早在1850年默克家族即透過制定「家族憲法」來執行家族堅持一貫的理念，包括家族成員的定義、權利與責任、嚴謹的人才培育與評估以及股份不得外賣…等規定；1920年更確立專業經理人制度，嚴格遵守「傳賢不傳子」的規定；至1995年公司股票上市，他們又把經營權與所有權分開，將家族企業經營交給專業經理人。（延伸閱讀：兩次接班危機都沒打倒的百年企業：米其林靠共同管理合夥人制度，創造家族傳承典範）
默克家族傳承至目前已經邁入第13代，透過家族控股的怡·默克公司（E. Merck KG）家族得以持有默克公司7成的股權，另外3成則由公眾持有，當家族成員有人要退出時，名下的默克控股股票只能賣給家族其他成員，不能賣給外人。這種做法有個好處，就是確保默克集團永遠不會被其他外人併購。根據默克家族掌門人史丹格‧哈弗坎（Frank Stangenberg-Haverkamp）表示，以投資者的角度來看，默克家族的人都是家族財產的受託人，再傳承給子子孫孫的，因此股權設計讓家族擁有多數默克股權的同時也讓公司上市，主要也是希望默克可以被公開檢視，被市場分析師、銀行、社會大眾和媒體所監督，進而也可以令家族和股東兩方，包含外部的投資人都能從中獲得最大利益。
在默克的家族憲法中規定，家族中只有12個人能進入默克控股董事會，再從這12人中選出5名商業經驗豐富的家族成員進入集團董事會，董事會中還有4名非家族成員來共同監督默克集團。在默克，有一個很獨特的管理機制，叫做無限合夥人制，意即進入集團董事會的5名家族成員，還必須負擔「個人無上限責任制」，這些執行董事都必須以「個人」的財產來擔保公司的債務，公司發生的任何事，個人也負連帶責任，這樣才能確保公司所做的每個決定都能非常小心。默克集團的高管在加入執行董事會時，也可以簽署一份協議允許以個人名義從默克家族購買一定的股份，但在離開公司的時候須再把股份轉售。
