大自然是相當奧妙的。一套簡單明瞭的植物分類系統相當不易建立，卡爾‧林奈利用新創的一套方式，建立了適用於所有植物及其他生物體的可行分類系統，對植物學貢獻良多。
林奈為植物學作出了兩大貢獻，分別是發展出一個適用於所有植物（及其他生物體）的可行分類系統，以及建立由屬與種而非長串名詞來命名植物的現代系統。這兩大貢獻，讓十八世紀探險旅程中所發現的許多新物種都能輕易地被分類命名。在此之前，只有富家子弟才會對植物學感興趣，這讓身為貧困學生的林奈很難取得當時最新的植物學文獻。因此，林奈之所以將他的分類方法出版為人們負擔得起的手冊，讓植物學新手或兼職植物學家都能輕易取得，肯定不是個巧合。
在他發表於西元一七三五年的著作《自然系統》（Systema Naturae）一書裡，當時年僅二十七歲的林奈建立了植物的五層分級結構：綱、目、屬、種和品系（varieties）。根據被他稱為「丈夫」的雄性生殖器官（雄蕊）的數目和相對長度，他鑑別出二十三綱的開花植物。單雄蕊綱（Monandria）的植物，例如美人蕉（Canna），具有一個雄蕊，被形容為像「只有一個丈夫的婚姻」； 二雄蕊綱（Diandria）的植物，例如婆婆納（Veronica），具有兩個雄蕊，被說是像「一段婚姻裡有兩個丈夫」；以此類推。林奈的第二十綱多雄蕊綱（Polyandria），其中包括罌粟（Papaver），則類似於「二十個或更多的男性和同一個女性一起上床」。此外他還加入了第二十四綱隱花植物（Cryptogamia），以含括那些像是苔蘚一類、沒有明顯生殖器官的植物。而依據雌性生殖器官的特徵，林奈進一步在這些綱下劃分出不同的目。
因為使用了有關性的詞彙，這種分類法在某些階級掀起了軒然大波（畢竟植物學到那時為止，都還被視為是適合上流社會年輕女性的安全消遣）。「林奈氏植物學第一原理的直譯足以震驚矜持的女性」，後來成為卡萊爾主教的塞繆爾‧古德諾（Samuel Goodenough）咆哮著，「許多靦腆的學生很可能根本無法辨認出蝶豆屬 （Clitoria）和陰蒂的比喻。」儘管有這些反對聲浪，加上這套系統僅僅依據花朵特徵，就在植物間建立了「人為」的關係，但它非常實用。如今，熱心的植物學家可以迅速地為樣本進行分類。
至於那些用長篇拉丁詞彙寫成的繁瑣植物名稱呢？在淬煉過他的分類系統後，林奈接著提出一個利用屬和種兩個字（二名式）建構的命名系統。他將「屬」詮釋為花朵和果實構造類似的同一群物種；同時，他認為種名要能將此植物從同屬其他植物中區別開來。現在，植物名稱不再需要包含冗長的描述，根據他的系統，如果你有了屬名和種名，你就可以輕鬆地查出關於該植物的相關描述。在這個系統下，植物沒有必要透過名稱來傳達關於此物種的資訊；相反地，植物名稱可以用來紀念首先描述這種植物的人，或是它被發現的地方。
