但一六四○年四月為了出版著作《第一哲學沉思集》（Meditationes de prima philosophia, 1641），笛卡兒隻身前往荷蘭南部的萊登（Leiden）。這時他正打算把法蘭辛送回法國讀書，託給親戚長輩照顧。沒想到不久法蘭辛竟染上猩紅熱類的傳染病，同年九月就夭折了。根據傳記作家巴耶（Adrien Baillet, 1649-1706）所言，笛卡兒形容法蘭辛的死是「有生以來最傷心的事」。至於海蓮娜，此後就沒有再看到關於她的記載了。
笛卡兒身邊的女性當中，論身分高貴且交情深厚者，莫過於普法爾茨（Pfalz）選侯，「冬王」腓特烈五世（Friedrich V der Winterkönig, 1596-1632）的大女兒伊莉莎白公主（Elisabeth von der Pfalz, 1618-80）。
腓特烈五世原本住在海德堡，一六一九年在三十年戰爭中被捷克人推舉為波西米亞國王。儘管他個人並不願意，但仍必須到布拉格接受加冕，成為「誓反教（新教）聯盟」盟主，對抗「天主教聯盟」。在隔年一六二○年白山戰役（Battle of Weissenberg）中波西米亞軍大敗，腓特烈五世因而被剝奪王位。
當時普法爾茨全境包括海德堡都被天主教聯軍占領，腓特烈五世一家最後在舅父奧蘭治親王亨德里克（Friderik Hendrik）保護下，於一六二一年逃亡到荷蘭海牙，一六三二年腓特烈五世過世，門庭相當沒落。但他的大女兒伊莉莎白自幼就和弟弟被託給祖母，住在布蘭登堡選侯國，度過幸福的童年。一六二七年她九歲時才回到海牙家人身邊，就讀萊登的貴族學校，接受嚴格的喀爾文派教育，除了拉丁語、外國語文、歷史、法律、神學之外，更熟讀數學、物理等。伊莉莎白美貌出眾，但終身未婚，熱中鑽研書中學問。
一六四二年，伊莉莎白讀到笛卡兒剛出版的《第一哲學沉思集》一書，深有所感。笛卡兒從義大利友人保羅處聽到伊莉莎白的感想，立刻就從住處趕到十幾公里以外的海牙求見伊莉莎白。這次據說沒能見到面，又有一說是已經見到，但總之在隔年一六四三年五月十六日，伊莉莎白致信笛卡兒，表示他日再請教他的高見。如果以一六四二年來算，當時笛卡兒四十六歲，公主芳齡二十四。
伊莉莎白從笛卡兒形上學中可能的弱點所在—身心關係—開始質疑，接著連帶對道德哲學，甚至笛卡兒的世界觀整體都提出疑問，並把問題歸結到人類的情感上， 於是刺激笛卡兒寫出《論靈魂之情》（The Passions of the Soul, 1649）一書。伊莉莎白信中的提問是像這樣的：
