一連串的失算與無法回答的問題，讓他得到了最終結論：「即使把人類的力量用到極致，也難以把核災發生的機率降到零，更難以控制帶來的衝擊。」
忠告一〉最壞的劇本 規畫250公里「撤離範圍」
「10年前的我，也對日本的核電技術深信不疑，認為安全不會有問題，甚至還像其他國家推銷日本的核電技術。」他懊悔地說，若是十年前就主張廢核，是不是就不會有這場災難的發生？今年3月1日，菅直人與日本前首相小泉純一郎開了一場國際記者會。兩位前首相首次對談，就是為了重申廢核主張，並反對一切核能發電相關技術。
聽聞台灣最近通過重啟核四的公投連署，菅直人建議，且不論公投結果如何，但在討論的過程中，台灣一定要把「最壞的劇本」納入考慮。
他解釋，所謂最壞的劇本，可先以「撤離範圍」為依據。「在福島核災發生兩周後，我面對的最壞的劇本，就是方圓250公里的超大規模撤離。」範圍包含首都東京等區，受影響人數超過5千萬人。
畫出腹地範圍後，接下來，從撤離方式、動線，到臨時收容場所，甚至要求人民撤離的法源及合理性等，每一個環節都必須考量在內。「各何況，台灣的面積比日本還要小，250公里的撤離，可能代表整個台灣都將無法居住。」他強調，台灣政府及朝野兩黨都必須謹慎思考，也有義務將這樣的可能性告訴國民。
忠告二〉擬可行方案 用綠電取代核電、安全無害
菅直人回憶，當時日本雖避開了最壞的劇本，福島撤離的時候，仍發生了令他後悔不已的事件，「因為交通堵塞，造成近20位高齡者在撤離過程中身亡。」他說，身為決策的最高負責人，對於撤離決策造成民眾傷亡，真的感到非常遺憾及抱歉。
「我能理解，一旦主張廢核，不論是國會還是民意一定會問你，電要從哪裡來？」因此，他給台灣的第二個建議，是反對核能發電的一方，必須提出合理可行的核能替代方案，「這是彼此溝通的根本。」
在日本，還是會有很多人質疑，不用核電，恐難免提高火力發電所造成的碳排放問題，「事實上，光是農地種電就能供給全日本的用電。」3月初，菅直人才向日本國會提出利用全日本四百萬公頃農地種電的方案。
他表示，經估算，若是在日本目前約4百萬公頃的農地上架設太陽能板，每公頃能架設約5百瓩的太陽能板，再以1年約1千小時的日照時間換算，所有農地1年可發出兩兆瓩的電。這個數字，足足超過目前日本整年用電量的1倍，因此，「不用核電甚至不用火力，光靠太陽能也是絕對可行的。」
「這可解決擔心缺電的人的疑慮，也是我目前大力推動的主張。」菅直人認為一定要提出具體方案，才能獲得民眾信任。
