比如龜丹林口殺人埔的地名由來，即是日軍在龜丹時，圍捕全村10歲以上男子至此，雙手反綁，以武士刀斬首後，推入坑洞；南化竹頭崎萬人堆，則是傳說當時16歲以上男丁皆遭日警帶至今玉山國小旁空地，以機槍掃射屠殺殆盡，今竹頭崎村民於農曆6月28日的祭祖習俗，即由此事件而來；左鎮木公莊殺人埔，是由於內莊仔保正嚴朝陽曾收留余清芳等人，導致全庄遭到日軍報復性屠殺，男女老少悉數殺死，幼兒則反鎖關押於三界公廟公厝，放火焚燒。
諸如此類的地名與屠殺故事還有非常多，但都來自於民間記載與當事人的口述歷史，台灣總督府並未在官方紀錄上對西來庵事件是否有屠殺一事記述。總督府僅統計共有1957人因此案遭逮捕審判，其中866人遭判死刑，因為國際輿論壓力，有四分之三遭到赦免。另外，有309人是因為參加反抗軍，在與日軍交戰時便身亡。有人認為因為官方史料未記載，屠殺一事也許只是以訛傳訛、空穴來風。
屠殺的真相逐漸浮現
其實日本軍警在西來庵事件中是否有對平民百姓進行無差別殺害，根據許多民間文獻以及當事人的口述歷史，應該都能確定真的曾發生過，只是發生確切地點、死亡人數尚無定論。
近年來開始有一些專家學者對於西來庵事件中的死亡人數加以研究。2015年適逢西來庵事件一百周年，台南市文化局委託學者研究，調查僅玉井、楠西、左鎮及南化等台南山區四個行政區的死亡受難人數就至少2832人，便遠高於當年法院判決死亡及戰場中身亡的人數，而這還不包括資料遺失的高雄市甲仙與杉林兩區的罹難人數。
中央研究院近代史研究所研究員康豹，更是對西來庵事件的死亡人數，有進一步的研究，他認為若要進一步探究某村庄是否曾經遭到「屠庄」，可以日治時期堪稱詳實的戶籍資料作為佐證。
他依照日治時期的戶籍資料，研究當年的沙仔田、芒仔芒、竹圍、岡仔林、內庄仔庄、菁埔寮、中坑、南庄、北寮、竹頭崎等十庄，發現僅8月6日噍吧哖之役當天，就有993人死亡，其中死亡人數最多的是竹圍庄，共有246人死亡。而根據當年8月7日的日本警官報告，曾寫道：「六日，軍隊於竹圍庄及其附近村庄，燒民房300戶」。學者認為，若有這麼多房屋被燒燬的話，通常也會伴隨民眾被殺害的情形發生。
另外，內庄仔庄、竹頭崎庄在這一天則共有293村民死亡，包括76名女性和16歲以下的未成年，以此多少能夠看出「屠庄」的痕跡。而竹頭崎於兩天後的8月8日，竟又出現另一波的死亡高潮，該日統計共有39人死亡，全部為女性和16歲以下的未成年，包括17名5歲以下的幼兒。研究報告指出，日本軍警從未逮捕16歲以下的男女，因此這些未成年人很可能是遭到殘殺的。
