自六○年代起，蔣經國對台籍人士的觀感及實際應對，與兩個因素密不可分：一是美政府開始關注本省人未來的政治動態，亦即華府對台政策開始出現微妙的風向轉變，二是小蔣本人從幕後走向台前的轉折。一九六一至六二年間，蔣介石欲利用中國大陸發生饑荒而發起軍事行動，但遭甘迺迪總統無情的壓制，這也使他想借助美國之力反攻復國的希望益加渺茫；對華府而言，當以外省人為主體的國民黨政府重回大陸的可能性越來越小時，那麼人口佔絕大多數的本省籍百姓，其未來動向便值得密切關注。如前所述，一九六一年夏天美政府一度決定核發廖文毅的入境簽證，儘管國務院在最後一刻剎車，避免與蔣介石決裂，然而不少觀察家皆將此視為美方改變對台政策一項試探性的舉措。
在蔣經國的認知裡，自一九四九年起美方便暗中鼓動本省勢力挑戰國民黨，不論以「民主化」之名與各方人物暗通款曲，或是「包庇縱容」當時美國境內剛萌芽的台獨運動，這些傷害國府的舉措未曾歇止。儘管如此，一九六四年對兩蔣父子而言仍屬極不尋常，該年伊始，日本首相池田勇人積極尋求改善與中共的關係，台、日外交幾乎破裂，法國政府也決定承認北京、與台北斷交，接著又發生湖口裝甲兵事件，一連串內外打擊讓台灣民心士氣跌入谷底。受國民黨刻意栽培、曾是國立台灣大學史上最年輕正教授與系主任、獲得「十大傑出青年」榮銜的台籍菁英彭明敏，與他的學生謝聰敏、魏廷朝在思索台灣困境與未來出路後，決定發表《台灣人民自救運動宣言》，主張一千二百萬人民不願接受共產黨的統治，而蔣介石政權既不能代表中國，又不能代表台灣，甚至不能代表國民黨，他們呼籲本省與外省人團結一致，共同建設一個新國家，成立新政府，實行真正的民主政治，重新申請加入聯合國並與所有愛好和平的國家建交。此份宣言草稿完成後，在印製過程中遭印刷廠老闆密告，該年九月彭、謝、魏三人遭警備總部以叛亂罪逮捕，翌年初分別被判處八年至十年有期徒刑。
「彭案」發生後，蔣經國主觀認定此案又是老美在幕後煽動本省人反對國民黨，然而他的猜疑並非無的放矢；該（一九六四）年稍早，自美考察歸來的國防部法規司長梅可望告訴小蔣，他在美國時曾聽聞聯邦調查局內部正流傳一種說法：華府利用「學生」推翻南韓的李承晚，利用「和尚」推翻南越的吳廷琰，現在正準備利用「台灣人」來推翻蔣介石，這番生動的描述令小蔣心生警惕，認為「此乃一種警告，吾人應有所警覺，亦必須有所準備。」小蔣也注意到，此時美國朝野人士比以往任何時候都還要關注台灣的「省籍」問題，認為過去老美談論的話題總是圍繞在台灣是否會成為「警察國家」、蔣經國是否與中共謀和，而近來論調則轉為本省與外省人的互動關係，以及台灣人是否反抗外省人。九月中旬，農復會委員蔣彥士自美歸來後又面告小蔣，當他拜訪艾森豪時，這位過去相當支持蔣介石的美國前總統，竟然大多數時間都在向他探詢本省人和外省人之間的微妙關係，小蔣認定美方關注此議題「一定是不懷好意」，他還聽聞當時民間流傳一些偏激與怪異的論調，譬如稱台灣人民「有一天會在中山堂公審蔣氏全家」、「將來蔣經國想逃亦逃不掉，一定會從飛機場捉回來」，小蔣驚訝此類言論竟也能傳到他耳裡，他雖不願多加揣測與理會，然而「此時此地總有人在作如此想，可不知之乎？」
