東京奧運被視為全日本的盛事，不過遇到主場館工程費超支的爛攤子，突然間，政府卻認為所謂的「東京奧運」當然就是「東京」要扮演更重的角色。因此， 當JSC向政府要錢時，日本內閣的文部科學省（文科省）便把球丟給東京都知事，要東京都負擔其中超支的500億日圓，讓東京都知事非常不滿。
而 讓東京都跟政府對立的，更在於文科省突然宣告為了縮減工期的延宕和節省經費，已跟JSC達成共識提出另一修正案。那就是新國立競技場的屋頂中央先不加蓋， 等到辦完奧運再來興建可自動開闔的屋頂。這更讓只被「告知」的東京都知事覺得不被尊重。此新聞一出，日本網友更紛紛諷刺原來日本的待客之道，就是在機場發 給來看奧運開幕的外國旅客，一人一把雨傘，以免在會場淋成落湯雞。
既然札哈・哈蒂的設計案這麼有問題，當初為何會讓此案通過呢？輿論開始質疑設計案的審查委員會。當初拍板定案的審查委員長，是在台灣也頗有名氣的建築設計師安藤忠雄。各界都想知道當初審查的過程為何，但JSC卻堅決不透露會議記錄。至於安藤忠雄則像是神隱起來似的，拒絕媒體對於此事採訪。JSC表面上雖為文科省的外部組織，號稱非政府組織，但實際上工作人員多由文科省指派，因此兩個單位的不透明作業，更引發了是否有利益輸送的質疑。
2020年東京奧運主場館建設工程陷入進退維谷的窘境。如今主辦單位雖堅稱不會放棄札哈・哈蒂的原設計案，但距離奧運只剩五年，該如何順利跳脫困境？日後是否仍有變數？仍令人堪憂。
