規定嚴格 機構人事精簡難應付
儘管如此，年度收入達一定金額以上之財團法人，各部會仍要求訂定內稽內控機制與誠信經營規範。根據《財團法人法》，一定規模以上之財團法人，其內稽內控制度包含工作計畫、經費預算、工作報告與財務報表等四項。至於誠信經營規範，各部會更是直接參考上市櫃公司誠信經營規範，由於規定相關嚴格，不少公益團體都為之恐慌。
一位公益團體負責人表示，台灣公益財團法人，扣除掉伊甸、勵馨等大型社福機構後，其餘的機構人事都非常精簡，根據社工學者研究，台灣公益財團法人平均聘僱員工僅3-4人，「校長兼撞鐘」的比率非常普遍，很多機構根本沒有專職會計人員，更何況是內稽與內控人員，未來如果要因應《財團法人法》，增聘會計與法遵稽核人員，對公益團體來說，都是成本的增加。
該名負責人表示，《財團法人法》上路後，目前各部會都在訂定相關子法，包括財團法人之誠信經營規範，不過，現在公布的幾個版本，包括金管會、經濟部的版本，都是抄襲「上市上櫃公司誠信經營守則」。以環保署為例，其公告版本就強調，係參採各行業中最為嚴謹之銀行、金控及票券公司之公司治理原則，作為環境財團法人之準繩。
根據該守則，「上市上櫃公司應遵守公司法、證券交易法、商業會計法、政治獻金法、貪污治罪條例、政府採購法、公職人員利益衝突迴避法、上市上櫃相關規章或其他商業行為有關法令，以作為落實誠信經營之基本前提」，該守則明確要求上市櫃公司，遵守「誠信經營商業活動」、「禁止行賄與收賄」、「禁止非法提供政治獻金」、「禁止不當慈善捐贈或贊助」、「禁止侵害智慧財產權」、「禁止從事不公平競爭行為」。
規模差異大 外部監理強度拉高恐有隱憂
不過，社福機構負責人強調，上市櫃公司員工動輒數百甚至上千人，公益財團法人規模遠不及上市櫃公司，各部會訂定之誠信經營規範，竟然直接把「上市上櫃公司誠信經營守則」，原封不動地抄過來，很多公益財團法人都擔心，誠信經營規範訂下去以後，未來財團法人董監事與經理人將動輒得咎。
理律律師事務所律師劉昌坪表示，國內財團法人依據其類型的不同，規模差異非常大，有些法人例如醫院、私校等，因為有《醫療法》、《私校法》等特別法長期規範其財務揭露，《財團法人法》上路對他們影響不大，不過，有些規模較小的機構，在《財團法人法》上路後，外部監理強度一下子拉高，由於該法有訂定相關罰則，有些機構可能因為怕被罰不敢做事，這部分需要政府機關重視。
