攸關全國5、6千家財團法人監理的《財團法人法》，2月1日正式上路，讓原本財務相對不透明的財團法人，將面臨更大的外界壓力，在此同時，各部會是否有能力，落實財團法人之監理，其實也頗令人擔心，以目前監理財團法人家數最多的教育部為例，教育部終身教育司，負責財團法人監理之科員僅5名，卻得監理全國700多家教育財團法人，其中包括國語日報、蔣經國文教基金會、凱達格蘭基金會等指標性團體，類似情況也發生在衛福部社家署、醫事司等單位，公益團體負責人表示，未來即便要求財團法人訂定內稽內控機制與誠信經營原則，讓然很難杜絕財團法人避稅等利益輸送爭議。
2016年，台灣醫學界爆出最大的集體逃漏稅案，前國防醫學院院長、中央研究院院士蔡作雍創辦的「財團法人思源教育學術促進基金會」，涉嫌協助253名醫師、校友等人「假捐贈、真逃稅」許可，當時，教育部對於下轄財團法人，發生逃漏稅案件，曾經一度揚言將撤銷其財團法人，其中，有27名醫師今年一審宣判，因為證據不足獲判無罪。
監督機制不足 不少財團法人長期「休眠」
據了解，教育部在思源基金會一案，其實頗為委屈，一名知情的官員透露，思源基金會在爆發協助逃漏稅事件以前，教育部其實已經「輔導」多年，由於該基金會始終不願意繳交財務報表，教育部方面不僅連續5年主動拜訪，還透過電話輔導，甚至協助聘請工讀生記帳，該基金會配合態度仍然不佳，結果最後被國稅局盯上，爆發該基金會買賣假捐款收據，協助國防醫學院醫師免稅，「這對長期協助輔導的主管機關情何以堪？」
由於國內數千家財團法人，有不少係由企業主捐贈，表面上雖然打著文教、社福基金會名義，但實際上卻是藉由關係人交易，協助企業節稅，由於政府長期以來對財團法人缺乏監督機制，不少財團法人長期以來處於「休眠狀態」。
最重恐遭撤銷法人登記 財團法人心慌慌
不過，今年2月《財團法人法》大棒揮下後，國內的財團法人赫然發現，未來將面臨政府監理的強度將大幅增強，一時之間也慌了手腳。尤其是財產總額達1億元以上，或年度收入達1000萬元以上之財團法人，依據該法，必須訂定內稽內控制度、誠信經營原則，相關的財務揭露規定，若未能達政府要求，最重將面臨政府撤銷法人登記的嚴重處分，因此，現在很多法人都在打聽，內稽內控制度、誠信經營原則「有沒有範本」。
一位不具名的公益財團法人負責人表示，《財團法人法》通過後，並非所有的機構的財務報表，都必須送會計師簽證，不過，各部會訂定財務報表強制簽證的門檻並不相同，教育部訂定的是年度收入1000萬元，衛福部、經濟部等單位所訂定下限則是3000萬元，由於目前全國性財團法人年度收入的平均眾數，大約落在500萬元左右，因此，實際上財報需要經會計師簽核的機構，家數相對較少。
