《財團法人法》單一企業股票投資不得逾5%的「財團法人控股條款」，預計明年2月正式上路，但「控股化」最嚴重的醫院、宗教團體與私立學校，竟然取得豁免待遇，據了解，根據《私立學校賸餘款投資及流用辦法》，私校對單一企業股票投資上限為10%，該法1999年8月實施以前，持股逾10%部分「得繼續持有」，《醫療法》針對醫療財團法人投資單一公司之比率，更授權衛福部另訂之。由於《醫療法》、《私校法》在適用上優於《財團法人法》，大同、台塑與遠東集團，透過醫院與學校「控股」的現象，反而不必受《財團法人法》限制，形成「一國多制」現象。
《財團法人法》倉促立法，為了讓政府取得電信協會、郵政協會、國語日報等公辦財團法人的主導權，立法院在立法過程，大幅強化全國性財團法人的監理，沒想到，該法第19條「財團法人控股條款」，竟然讓醫療、宗教與教育財團法人排除適用，讓控股化最嚴重的醫院、學校，可以繼續成為企業主控股工具。
私校、醫院成財團控股工具
根據證交所公開資訊，國內不少知名財團，早年透過捐贈，讓私校、醫院成為集團控股機構，其中又以台塑集團最為明顯。台塑四寶除了皆有長庚醫院持股之外，明志科大持有台塑1.43%，長庚大學同時持有南亞、福懋興業股份，持股比率4%、2.2%；長庚科大與明志科大也持有福懋興業股票，持股比率2.13%、1.87%。
歷史悠久的遠東集團，旗下的亞東醫院、元智大學、亞東技術學院也持有集團股份，其中，元智大學持有亞泥、遠東新（遠紡）股份，持股比率1.41%、2.74%；亞東技術學院持有遠東新4.81%股權。
私立學校當中，持有單一企業比率最高的是大同大學。根據大同年報，大同大學持有大同6.19%，遠高於「財團法人控股條款」的5%上限。
不過，荒謬的是，《私立學校賸餘款投資及流用辦法》規定，私校投資股票、債券與受益憑證，投資額度合計不得逾可投資額度上限之10%，私校對單一公司之投資比率不得逾10%。教育部當初考量部分私立學校，當初接受企業捐贈股票，目的是希望將孳息用在教育用途，當初訂定該辦法時，還特別將該法1999年8月實施以前，投資逾5%之私校排除在外。
教育部會計處官員解釋，《財團法人法》去年立法時，教育部內部曾經就5%「財團法人控股條款」，是否可能影響私校持股進行討論，後來發現《私校法》10%規定可以優先適用，因此當場並未表達反對。至於《私立學校賸餘款投資及流用辦法》，當初為何訂定10%上限？官員表示，當初立法原因可能要再調查。
