「大學自治屬於憲法第十一條講學自由之保障範圍，舉凡教學、學習自由有關之重要事項，均屬大學自治之項目，又國家對大學之監督除應以法律明定外，其訂定亦應符合大學自治之原則，業經本院釋字第三八○號解釋釋示在案。大學於上開教學研究相關之範圍內，就其內部組織亦應享有相當程度之自主組織權。各大學如依其自主之決策認有提供學生修習軍訓或護理課程之必要者，自得設置與課程相關之單位，並依法聘任適當之教學人員。惟大學法第十一條第一項第六款及同法施行細則第九條第三項明定大學應設置軍訓室並配置人員，負責軍訓及護理課程之規劃與教學，此一強制性規定，有違憲法保障大學自治之意旨，應自本解釋公布之日起，至遲於屆滿一年時失其效力。」─大法官釋憲文第四五０號。
一九九八年三月，大法官做出上述釋憲，基本上為紛擾多時的軍訓教官退出校園爭議，畫下句點。從此，軍訓室不再是學校必設單位，軍訓教官從人事到教學內涵都有所改變；沒想到，十八年後，教官退出校園再成為話題，更沒想到，根據教育部的說法，「已經有十四所大學」不設教官，這個數字比諸全台一百七十一所大專院校，只有一成不到。而根據立法院的決議，五年後的二０二一年，教官要全面退出大學，至於是否全面退出高中，還未可知。
六十年前，軍訓就到了武裝睡覺的地步
如果要回溯軍訓教官退出校園的抗爭史，那得推到一九五０年代的《自由中國》時期，從一九五二年〈我們對於大專畢業生軍訓的幾句要話〉、到一九五八年〈軍訓已到「武裝睡覺」的階段〉，雷震主持的《自由中國》每談教育，就不能不觸及軍訓，原因無他，自國民政府遷台，並於一九五一年恢復軍訓教育以來，軍訓教官由國防部選拔「優秀軍官」帶階進入八所校園試點開辦，隔年救國團成立接手學生軍訓，緊接著，一九五三年、一九五四年從高中到大學，軍訓教官全面進駐，所謂的「軍訓教育」已經遠遠脫離蔡元培的初衷，成為蔣經國全面控制校園思想的武器。
大教育家、前北大校長、前教育總長、前中研院長蔡元培，以德國教育為藍本，在一九一二年發表〈軍國民教育〉，並經北洋政府通過，舉凡中等學校都要實施軍訓教育，包括講授軍事學大要、實施兵式操、射擊和軍事體能等等；一九一二年的中國，革命才成，「東亞病夫」稱號未除，教育啟蒙與體能鍛造同等重要。不過，六年多後，我們師法的德國，成為一戰的戰敗國，軍事教育思潮式微；只有江蘇將「軍國民教育」改為「軍事教育」，意在強化學子的尚武精神和自衛能力。這也成為國民政府北伐完成後，通令全國〈中等以上學校軍事教育方案〉的藍本。
