林毅夫談經濟最常用的基本概念是「比較利益」或「比較優勢」。簡單地說，就是一個人選擇做Ａ或做Ｂ，哪個花的成本較低。各國依比較利益去生產，再進行貿易，這就是國際分工的基礎。
林毅夫談台灣經濟也是這樣開始談的。他首先想起二○○一年兩岸共同市場基金會董事長蕭萬長率團到中國大陸，兩人進行座談。「我很佩服蕭先生的眼光，就是順勢而為，產業要不斷升級，附加價值不斷提高，收入也不斷提高，然後要把失去比較利益的產業，轉移到其他合適的地方，要把ＧＤＰ轉變為ＧＮＰ。」ＧＤＰ是國內生產毛額，屬地；ＧＮＰ是國民生產毛額，屬人。全球化時代人民很多所得不是在國內生產。
林毅夫說，當時依一九九九年最新資料，台灣人均ＧＤＰ依購買力平價指數計算，大約是美國的四成。從日本、新加坡經驗來看，大概十五、六年可以達到美國的水準。「如果當年蕭先生的願景能夠實現，台灣的人均ＧＤＰ按購買力平價指數已經可以超越美國了。」
十幾年過去了，兩岸經濟的競爭性似乎多於互補性。雙方未來競合關係為何？林毅夫認為，台灣人均ＧＤＰ如今和北京、上海、廣州與深圳大概同樣水準，這幾個地方產業基本上結構接近。「貿易比較優勢可能因為要素稟賦不同，以前兩岸是如此，但現在轉變成因為專業分工不同而產生。」
他舉諾貝爾獎得主克魯曼（Paul Krugman）研究發現，全球貿易七成集中在要素稟賦相似的已開發國家。沒有一個經濟體可以什麼產業都達到規模經濟，因此形成不同國家間的專業分工，再透過貿易交換，現在台灣和中國大陸也是一樣。台灣有優勢的產業要發展就要靠大市場，而全球經濟三成的成長都靠中國大陸。
「永遠會有比較利益。」林毅夫說，台灣經濟發展的重點在於「依靠比較利益的過程當中，能不能讓產業不斷升級」。
