2015年10月29日，仲裁法庭宣布第一階段裁決，判定菲律賓對其15項訴求中的7項具有管轄權，換言之仲裁法庭可以介入中菲糾紛。
2015年11月24，仲裁法庭舉行第二階段聽證會，並就南海仲裁案實體問題進行審查。2016年6月29日，常設仲裁法院宣布，將於7月12日在荷蘭海牙發布南海仲裁案最後裁決。
菲律賓15點訴求及策略
菲律賓向常設法庭提出的15點訴求可以分為四大重點：
一、中國的「九段線」（Nine dash line）領海範圍無效。二、依據《公約》第121條，中國占領的島礁都是「岩礁」，有些是低潮高地，有些沉沒在海下，不能主張200浬專屬經濟海域，中國填海造陸無法在法律上改變什麼。三、中國在南海干擾菲律賓行使主權權利與管轄權，違反《公約》。四、中國填海造陸破壞海洋環境。
由於常設仲裁法院並不處理島嶼主權歸屬的判定，菲律賓律師也刻意繞過相關問題。他們的計畫是，假設中國無法依據九段線主張領海，且中國在南海佔領的島礁都不能主張專屬經濟海域，那麼菲國就可以直接從巴拉望島延伸200浬專屬經濟海域涵蓋南海。
菲律賓提出的15點訴求並沒有提到我國的太平島，直到第二階段的聽證會上，仲裁庭要求菲律賓解釋太平島地位。原因在菲律賓遵守「一個中國的原則」，將台灣視為中國一部分，因此太平島對菲律賓而言也屬於中國。
菲律賓若能證明南沙最大的太平島不是島嶼而是岩礁，無法劃定200浬經濟海域，其他比太平島還小的島都會被認定是岩礁而不能主張200浬經濟海域，菲國等於是把南沙群島的油氣勘探、漁業開發和採礦等權利「整碗捧去」。也因此在今年1月底，前總統馬英九親自前往太平島巡察，強調太平島是「島嶼」而非「礁」，3月份更邀請國際媒體赴太平島考察，證明太平島島嶼之地位。
有求於中國？新總統大轉彎：願共享南海資源
這次的仲裁結果雖然不利於中國，然而菲律賓的政權輪替似乎為北京帶來轉圜機會。相較於前菲律賓艾奎諾三世（Benigno S. Aquino III）敵視中國的態度，新總統杜特蒂（Rodrigo Duterte）就任後，對中國態度明顯軟化。菲國新科外交部長雅賽（Perfecto Yasay）也表示，即使最終裁決結果有利於菲國，菲國政府也十分樂意與中國共同開發、享有南海資源，希望在仲裁宣判後儘速與中國談判，內容包括在菲律賓的專屬經濟區內聯合利用天然氣資源和漁場。
杜特蒂過去在競選時便說過，若中國願意支援菲國鐵路基礎建設，他當選後不會再爭取南海主權，並反對國際仲裁，還會永遠乖乖「閉嘴」，不再挑起爭端。並在就職當日要求閣員應該讓兩國南海爭議「軟著陸」，以免挑起戰爭。若中菲兩國啟動談判，預料菲方將以擱置南海爭議，換取中國為國內鐵路等基礎建設提供經濟協助。
