民進黨立法委員蔡易餘等人提案刪除法院組織法第六十三條之一條文，即廢止特偵組設置的法源依據。法務部長邱太三亦表示，過去對特偵組有太美麗的期待，但特偵組設在最高法院檢察署，在體制上有衝突與矛盾，沒辦法監督，也沒有救濟的再議制度。使得廢除特偵組的議題再度浮上檯面，並且極有可能實現。
法務部回覆立委質詢，洋洋灑灑列出特偵組應該廢除的五大理由，包括：一、特偵組影響檢察機關內部監督機制；二、違反行政法上機關與職務不兩立原則；三、概括條款明訂特偵組事務管轄、違反法律明確性原則；四、檢察官具有司法屬性，沒有再設置特偵組的必要；五、違反再議程序及案件管考制度。簡言之，「缺乏監督機制」、「破壞檢察體系運作」，所以特偵組是必須除去之惡。然而這樣的說詞，在法理上恐站不住腳。
特偵組職司之案件，一般檢察官無法勝任
有鑑於高官貪瀆、嚴重影響社會經濟金融等特殊重大案件，恐非一般檢察官所能獨力偵辦，許多國家莫不設有特別檢察組織以為因應。諸如美國「獨立檢察官」、日本「特搜部」，以及南韓「大檢察廳中央搜查部」等特別偵查組織。顯見我國特偵組之設計，並非獨樹一幟的怪物。
依法院組織法第六十三條之一第一項規定，特偵組偵辦之案件，包括：（1）涉及總統、副總統、五院院長、部會首長或上將階級軍職人員之貪瀆案件；（2）選務機關、政黨或候選人於總統、副總統或立法委員選舉時涉嫌全國性舞弊事件或妨害選舉之案件；（3）特殊重大貪瀆、經濟犯罪、危害社會秩序案件，經最高法院檢察署檢察總長指定之案件。此等案件或因案情極度複雜，或影響層面過廣，或涉案人員具有一定權勢，一般檢察官恐無力單獨偵辦，藉由特偵組結合組織與人力的設計，始能提升整體偵查能力及成效，克盡犯罪偵防的目的。
檢察首長濫權係「檢察一體」之通病，並非特偵組之弊
廢除特偵組的重要理由之一，是易啟檢察總長干預個案偵查之弊。檢察首長若不當行使案件收取權、移轉權及指揮權，即可能侵害「檢察官獨立性」，倘若檢察官仰承上意辦案，更有造成檢察官難以維持「客觀性義務」的危險。特偵組的成立無異是強化檢察總長權力，使檢察總長容易直接干涉案件的偵查。
雖然檢察首長不當行使案件收取權、移轉權及指揮權，不僅減損檢察官獨立辦的空間，更將造成檢察官無法公正履行「客觀性義務」。然而此等可能衍生之弊病，係「檢察一體」不當擴張所致，並非導因於特偵組之設置。縱使無特偵組之設，仍可能發生檢察首長干涉所屬檢察官之弊，例如此次關說案中高檢署檢察長之行為。因此，檢察首長濫權不應成為廢除特偵組的主因。
