商談結束後，3月30日，海協會常務副會長唐樹備針對海基會沒有被授權談一個中國問題公開指出：「首先，商談要反映現實，一個中國是客觀事實。處理兩岸交往中的事務性問題，在指導思想上要明確這是什麼性質的事務，是中國內部的事務呢？還是兩個國家之間的事務？…… 因此有必要明確海峽兩岸交往中的事務性問題是中國人的內部事務。……第二，本來雙方對堅持一個中國的原則沒有分歧，這見之於中共領導人的談話，見之於中國國民黨領導人的談話，見之於臺灣當局公佈的有關統一的文件。明明雙方都認為是『一個中國』，偏偏臺灣當局某些主管大陸事務的官員，不同意雙方提一個中國，不同意雙方本著一個中國原則處理兩岸交往中的問題。第三，我們提出在事務性商談中堅持一個中國原則，只是要雙方表明堅持一個中國原則的態度，並不是要與海基會討論『一個中國』的涵義。至於如何表述堅持一個中國原則態度的方式，雙方可以協商。」唐樹備在談話中公開指責陸委會，他要求海基會表明堅持一個中國原則的態度，但沒有要求雙方就「一個中國」的涵義進行討論並達成共識，而且考慮到彼此很難形成共同的文字表述並寫進協定，因此在表述方式上，預留了口頭表述的空間。唐樹備將這一資訊傳達給了海基會。此後，海協會態度可概括為：海峽兩岸交往中的具體問題是中國的內部事務，應本著一個中國原則協商解決；在事務性商談中，只要表明堅持一個中國原則的基本態度，可以不討論一個中國的政治涵義；表述的方式可以充分協商，並願意聽取海基會和臺灣各界的意見。
在李登輝政府內部，出現了是否在事務性商談中應表明一個中國原則的意見爭論。從1992年4月起，國統會開始研究應對辦法，引發了一場有各方人士參與的大討論。當時陸委會主委黃昆輝及副主委馬英九，皆不同意、不允許海基會在兩會事務性商談中表明一個中國原則。他們認為，1971年臺灣退出聯合國後，國際社會講的「中國」，是指中華人民共和國，如果在兩岸事務性商談中達成堅持一個中國原則的共識，將造成默認臺灣是中華人民共和國的一部分、中共是中國唯一合法政府的影響，將對臺灣拓展國際生存空間非常不利。但海基會負責人則認為「不宜迴避」一個中國原則，認為「堅持一個中國的立場，並不妨礙我務實外交的開展」，並「可在國際間形成中國問題未獲解決的共識」。國統會就海基會與海協會商談事務性協定時有關「一個中國」涵義問題，終於在長達三個多月的討論後作出了結論。
1992年8月1日，在李登輝主持下，國統會通過「一個中國」的涵義：「一、海峽兩岸均堅持『一個中國』之原則，但雙方所賦予之涵義有所不同。中共當局認為『一個中國』即為『中華人民共和國』，將來統一以後，臺灣將成為其轄下的一個『特別行政區』。臺灣方面則認為『一個中國』應指1912年成立迄今之中華民國，其主權及於整個中國，但目前之治權，則僅及於台澎金馬。臺灣固為中國之一部分，但大陸亦為中國之一部分。二、民國38年起，中國處於暫時分裂之狀態，由兩個政治實體，分治海峽兩岸，乃為客觀之事實，任何謀求統一之主張，不能忽視此一事實之存在。三、中華民國政府為求民族之發展、國家之富強與人民之福祉，已訂定『國家統一綱領』，積極謀取共識；深盼雙方均以務實的態度捐棄成見，共同合作，為建立自由民主均富的一個中國而貢獻智慧與力量。」
