模憲法大法官林孟皇質疑高思博這個建議。林指出，國際上對轉型正義的要求，是讓受害者有追求真相與正義的權利，沒了上訴的機會，這個權利就被剝奪了；林也舉例，因美國二戰期間發布行政命令而被關的1名日本人不服法院先前判決，在1986年、事隔30年後仍被容許有上訴救濟的機會。
高思博指出，他同意由司法程序處理司法救濟才是正辦，但他懷疑司法體系有足夠的資源可以處理這些案件的上訴，才提赦免的構想。
關閉受難者司法救濟途徑，只給金錢補償，是否恰當？
我國以法律關閉受難者的司法救濟途徑，只給受難者金錢補償，這種用第二次權利救濟取代第一次權利救濟的機制受聲請方質疑。
聲請方訴訟代理人蘇慧婕詢問鑑定人、中正大學法律學系助理教授王韻茹，這是否代表國家對人民基本權的保障不足，而無法防止其權利受侵害；王韻茹說，的確有此狀況，這也是違憲的，「每個保護不足禁止的個案，要鈞庭發揮智慧說明。」
聲請方也因白色恐怖受難者李媽兜、杜孝生及其後代無法申請到補償，分別聲請《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》（補償條例）第8條第1項第2款及補償條例第2條第2項、第15條第1項第1款的兩案釋憲。
依「戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會」判定，李媽兜因被認定「依現行法律或證據法則審查，經認定觸犯內亂罪、外患罪確有實據者」，不得申請補償；李媽兜被判死刑是依照舊《刑法》100條、《懲治叛亂條例》第2條第1項，這兩項條文也同時聲請釋憲。杜孝生與被告以意圖顛覆政府的湯守仁同案，但他被以貪污罪定罪，因排除在觸犯內亂、外患的冤假錯案之外，未給予補償。
杜孝生案，林明昕：不應用政治概念模糊軍事審判焦點
關於杜孝生案，鑑定人、台大法律系副教授林明昕指出，補償條例及處理《戒嚴時期人民受損權利回復條例》的釋字第477號，都不應以「政治」因素的考量，將權利回復對象限縮在內亂外患罪名者，而應廣泛地以戒嚴時期受軍事審判的人民為對象，「不應用『政治』這個模糊的概念，模糊軍事審判的焦點」，他認為這樣的限縮違反《憲法》第7條的平等原則。
至於李媽兜案，林明昕指出，即使在現在時空下適用現行法律及證據法則，也屬觸犯內亂罪、外患罪確有實據，他認為沒有申請補償的空間，不過應先確認基金會依據的所謂「現行法律」是那個法，以及是否違憲。
李媽兜案，林傳凱：說他叛亂是政府立場、國家主義觀點
不過，對於李媽兜案，鑑定人、研究台共史的台大社會系博士生林傳凱指出，李媽兜從日治時代就是抗爭者，也是少數經中共訓練的台共，回台後在各地建立農工組織，他是當時要推翻國民政權的一環，很多人因此說他犯叛亂罪；但他認為這是政府的立場、國家主義的觀點，必須把當時他們為何採取革命行動的背景及歷史條件放進來看，了解有無官逼民反的成分、及反抗的正當性。
東吳大學政治系副教授陳俊宏指出，釋字第436號已宣告戒嚴時期的軍事審判程序違憲，在這基礎下進行的犯罪事實認定也違反程序正義。
而代表政府機關訴訟代理人洪文浚指出，戒嚴時期適用軍事審判的案件，有許多型態，如果國家回復的補償義務沒有限縮，而是全面的，涉及有被害人案件者也要給予補償，「會不會對被害人的一方產生不正義？」而如果認定補償條例違憲，是否將推翻之前依照補償條例申請補償的案例？
