台灣17個農田水利會長期被外界批評為「擁水、擁地」，在民進黨政府上台後，準備透過《農田水利會組織通則》將農田水利會改制為行政機關，農委會為此召開4場徵詢會議，卻面臨農田水利會一面倒的反彈，由於17個農田水利會，除了七星、瑠公與桃園水利會之外，其餘水利會每年共領取農委會60億元補助，立委上周審查農委會預算，也對水利會「尾大不掉」感到不滿，最後「加強農田水利建設」預算遭到部分保留。
全台17個農田水利會承接日治時代水利設施，會員人數156萬人，過去以來一直被民進黨視為「擁水、擁地」。
根據監察委員楊美鈴、陳小紅、陳慶財的調查報告，農田水利會早年雖然因參與水庫建設，或自行興設水利設施而能擁有水權，但水利會長年以來獲得政府改善農田灌溉、排水渠道等相關之經費補助，同時還向農民收取會費，自1994年起，政府每年補助農民代繳會費22億3000萬元，農委會從2003年至2014年補助農田水利會辦理農田灌溉排水設施新建改善與歲修養護工程共計245億7000萬元，另外，農委會2015年至2016年補助農田水利會的營運經費也達89億元。
民進黨政府上台不久，立法院長蘇嘉全即表示，應將水利會改制為公務機關，「落實轉型正義」，農委會副主委陳吉仲也表示，因應極端氣候造成水資源不穩定，希望農田水利會改成公務機關，由政府統一做水資源的分配。
土地產權難釐清、員工轉換問題 水利會改制屢遭抗議
不過，農委會所推動的《農田水利會組織通則》，日前在各地舉辦的諮詢會議，卻面臨農田水利會抗議，農委會農田水利處處長謝勝信表示，農田水利會改制為公務機關，目前有些問題仍有待解決，包括土地財產權歸屬問題，與員工制度轉換問題，
其中，位在都會區的水利會，包括瑠公、七星與桃園水利會，早年一些水利用地隨著都市發展，部分畸零地可以透過與鄰地共同開發方式創造額外收益，謝勝信表示，「農委會去年起，已停止補助桃園水利會，目前還在領取補助的水利會還有石門、苗栗、彰化、嘉南、南投、屏東等14個水利會」。
轉移水權賺取上億、預算執行成效不彰 立委要求凍結農委會補助
讓立委不滿的是，包括嘉南農田水利會在內，過去長年以來在枯水期間將水權移撥給工業部門使用，獲取上億元水權收入，加上先前水利會員工還曾被媒體拍到上班時間打麻將的離譜行徑，但農委會明年度編列「水利會營運改善計畫」6億4000萬元補助費，該計畫5億元用於補助有財務困難的水利會，1億4000萬元則是用在輔導農地重劃等營運改善費用，規模與今年度一模一樣，歷年預算執行成效不彰，立委在審查預算時紛紛要求凍結。
謝勝信表示，農委會目前對全台農田水利會的補助標準，已經沿用了20年，但20年來台灣各縣市的農業發展，尤其是都會區農業發展，灌溉農田面積與用水量，已經有很大的改變，很多立委都主張，農委會對於17個農田水利會的水權分配，應該重新檢討，讓它能更符合現況。
