在第三屆模擬憲法法庭中探討到一個非常令人動容的轉型正義議題,就是關於確實屬於在白色恐怖時期所逮捕的台灣共產黨組織重要幹部，事實上受刑並非全然冤枉的李媽兜等人，應該如何看待的問題。本次模擬憲法法庭由立法委員黃國昌針對這4個條文提出釋憲。他認為，李媽兜僅僅只是追求思想自由、研讀共產主義書籍、組讀書會，就被判死刑。另一位法庭之友蘇友辰律師的法律意見書與許多熱愛民主自由的公民一樣，也都認為台灣歷經長達38年的白色恐怖統治，鑄成了難以計數的戕害人權的冤、錯、假案，在寶島烙下無法磨滅深深的傷痕。但是在台灣整個歷史的走向確實扣問著每一個台灣人的心靈，冤、錯、假案固然需要被平反賠償，那些不冤不假不錯，確實與中華民國國家機器在作戰中被捕被殺的犧牲者，又該怎麼辦？
如按照我國傳統法律程序原則上所認定的原則，在討論國家侵害人民的權利時，人權保障與公共利益應該之間有所權衡，刑事訴訟法158-4條立法理由所參照。與中國大陸相關的議題上，人權保障必須也要與國家安全有所取捨，在我國憲法增修條文第11條也有所依據。因此我國一直到現在對於與中國共產黨統治當局有過身分上聯繫的中國大陸地區來台新移民，就業與取得身分都有相當的特殊限制。可見在我國法制上直到今日，個案正義確實會在某些情況下，屈從於國家安全的考慮而被犧牲。
遺憾的是雖然主張給李媽兜平反的，申請人一方多是公法專長的學者與律師，但在本次模擬憲法法庭上對於公共利益的權衡並未得到充分的審視。在台灣許多人認為，轉型正義的邏輯就是只要有人權侵害，也不問有無任何阻卻違法事由的存在，一律視為非法，也不接受任何方式的解釋舉反證推翻。本文認為還是應該先要回到公權力行使的基本概念，人權保障與公共利益應該有所權衡，權衡結果如果是確實當時國家發動的劇烈行動對人權保障的密度過低，也不可能以公共利益的追求而正當化時，才應該列入轉型正義應該處理的範圍。
按照一般現有史料與本次憲法法庭模擬網頁上對李媽兜的存證與研究，他所作的恐怕並不是只僅於思想與知識的層次。即使是按照申請一方所提供的背景資料，在1940年代後期到1950年代初期，李媽兜作為與中華民國的敵對組織中國共產黨台灣省工作委員會的高級成員，他是省工委書記蔡孝乾在組織工作方面的得力助手，他受蔡孝乾領導，成立「臺南市工作委員會」並兼任臺南工委會的書記。直接接受中國大陸上中共方面的指示，先在二二八事件中成立武裝抗擊國軍，在政府遷台以後又成立了為數眾多的中共分支單位，對中華民國在台灣的存續不斷進行敵意行為，以期與渡海登陸的解放軍配合解放台灣。
