從卅幾年前研究埃及木乃伊開始，他不斷試驗萃取絕種物種DNA的最新技術，努力排除古代DNA污染問題，建立可靠重建古DNA的黃金準則。帕波憑著極大的決心和毅力把他們的研究推到頂峰，建立出來的SOP要到雞蛋裡挑骨頭的地步，也拚出了極高的門檻，其他競爭者不易跨過，讓他們保有很強大的優勢，因為科學界的競爭，也是到了沒有永遠的朋友，也沒有永遠的敵人的地步！帕波在《尼安德塔人》中，把他們過去合作又競爭的複雜生態誠實地揭露。
在重建人類演化史的聖杯上，帕波的野心和信心也因一次又一次的攻池掠地而壯大，他嘗試過冰人還有長毛象的古DNA研究後，決定要定出共有卅億個核苷酸序列的尼安德塔人全基因體。他的論文發表是傑出到變態的地步，他迄今已發表過280篇論文，21篇專書的篇章，獲獎無數又還有許多院士頭銜。他最大的挑戰，是要定序尼安德塔人的基因體，用當時最先進的技術。這可不是個簡單的工作，我現在參與一些基因體的定序和分析工作，還連現生動物的新鮮DNA而且基因體較小的情況下都要整合許多方面的資源，要定序古DNA，而且還是話題性超高的尼安德塔人DNA，從取得樣本的各種政治操作到整合各領域頂尖的專家，帕波優異的文筆讓我們見識到峰迴路轉的精彩故事。
我們差不多才在2001年完成人類基因體草稿，在2004年完成較完整的版本。當時政府和民間花費了上百億鎂，聘用了三千多名科學家，花了十年才完成這個壯舉。拜次世代定序技術的突破所賜，我們現在在幾年內，數十個人就能完成一個大計畫，有些小型基因體只有幾個月和幾個人也能勉強完成，經費也只是上百萬台幣。
帕波領導的尼安德塔人基因體定序，具有劃時代的意義，透過基因體的分析，打破許多人對遺傳學真能對人類學有所貢獻的疑慮，解開人類演化之謎。人類的演化並非是一直線，中間出現過很多物種，有名的有尼安德塔人（Neanderthals）、丹尼索瓦人（Denisovans）、佛羅勒斯人（Homo floresiensis）等等，我們智人（Home sapiens）的祖先，大概在廿萬年前在非洲演化出來，後來在約五六萬年前出走非洲全球趴趴走後，取代了各地的人種。
在他們的研究成果在2010年發表之前，我其實是對主張智人和尼安德塔人混過血的理論不屑的。沒想到，他們的基因體定序結果，卻非常令人震驚的是，他們發現代歐亞的智人體內都或多或少帶有一些尼安德塔人的基因。在他們反覆地驗證下，現在學界大致有了共識，相信歐亞現代人類族群有2-4％的DNA來自尼安德塔人。他們後來還趁勝追擊，定序了丹尼索瓦人的全基因體，發現大洋洲的美拉尼西亞人和澳洲土著有6％的DNA來自丹尼索瓦人。這些發現對人類演化研究投下一顆又一顆震撼彈，讓我們不得不重新描繪和思索人類演化的歷程。
基因體序列僅僅是個開始，基因體學的研究方興未艾，基因體裡大部分序列還是有字天書，我們也僅瞭解兩萬多個基因的一部分功能而已，更甭提每個基因還可能因為選擇性剪接（Alternative splicing）而組合不同的內含子（intron）與外顯子（exon）而構成不同蛋白質異構體，人類平均一個基因能選擇性剪接成五個不同的蛋白質異構物。更複雜的是，許多非蛋白質編碼RNA能有複雜的基因調控功能，而DNA的化學修飾也能改變基因表現。總而言之，我們的基因體序列不僅是ATGC而已，裡頭有複雜的文字和文法，我們迄今只搞懂一部分而已。
從分子演化和演化遺傳學的角度來看，基因體序列給了我們更完整的歷史記錄，來探討人類族群的變異、遷徙和融合等等歷史，透過這本有字天書，我們能夠推測過去發生的一些事件，例如人類族群數量的變動，從哪些地方遷徙至何處，有沒有跨物種或族群的融合等等，這對建構我們這支改變地球最多的多細胞生物而言，是寶貴的資訊。因為帕波工作的激勵，最近有許多馴養動物如雞、羊、狗等等的古DNA研究出爐，讓我們也同時能瞭解這些我們馴化的動物之改變，也進一步瞭解牠們怎麼改變我們的文明和歷史。
無論你對尼安德塔人本身感不感興趣，帕波的《尼安德塔人》都不容錯過，因為這本好書不僅給你科學知識，還揭示了科學研究的運作過程，而且是以一種有趣、好看的方式呈現，是不可多得的優異科普著作！
轉載自The Sky of Gene，原標題為〈尋覓尼安德塔人的失落基因體〉
