為了解決這些問題，老毛奇向戰爭部建議，由承平時期的軍司令部來擔負動員準備工作。最基層的動員管理由新設置的軍管區主持，區內所有後備役、民兵、替代部隊都由其管轄。軍管區的指揮部與鐵路及電報網路連結，成為地區性動員的中心。由於這項工作是由參謀本部派至各軍、各師的參謀主管執行，雖然動員命令仍得由戰爭部下達，但參謀本部首次在動員準備中得到立即的影響力。
1866年春，普軍已具備新的組織力量。平時的部隊就已根據戰時行動的軍、師、團編制組織。禁衛軍從全國各地挑選其成員，是唯一的例外；其他所有野戰軍都駐紮於其後備役官兵所在的地區。參謀本部本身也進行了重組與擴大。丹麥戰爭時，由於參戰部隊缺乏參謀，從柏林本部借調了許多軍官，幾乎讓本部業務停頓，於是決定讓執行專業技術業務的部門更加獨立。1865年夏，一半的參謀被編入科學業務第二部門，由1名少將主管，有14名軍官與24名士兵，以地圖製作為重點工作，這些軍官不需要下部隊輪調。
1866年的普奧戰爭比丹麥戰爭複雜許多。動員人數為28萬人，戰場有兩個，彼此相距遙遠：一為奧地利西北方的波希米亞（Bohemia），另一為今日德國的中北部。1864年發動戰爭時，奧地利是盟軍，英國也保持中立，幾乎不必考慮外力干涉。1866年不但法國可能動員進行武裝調解，德國境內的邦國也可能與奧地利結盟，時機與兵力的互相依賴，成為最重要的取勝因素。經過俾斯麥的外交操作，創造了一個短暫的機會窗口，讓普魯士得以進行兩面作戰；若是錯過這個時機，就必須面對沒有勝算的三面作戰。
這個兩面作戰的戰略之所以可行，主要因為在波希米亞戰場上，普魯士享有技術上的優勢。普魯士有5條鐵路線通向戰場，而奧地利只有1條。從1866年4月起，參謀本部的鐵道管理部門便準備好詳盡的部署計畫，並與商務部、3個軍民共同委員會密切協調。老毛奇的構想是各路部隊分頭前進，到最近戰場處集結於單一據點，大部分資深將領都不支持這個新穎的作戰方式。
開戰之前，戰爭部依然牢牢控制著整體作戰計畫的準備工作，但參謀本部已完全接手鐵路動員的任務。到了6月2日，由於鐵路運輸已成為最緊急的事項，老毛奇得到授權，可以跳過戰爭部直接下令給各野戰軍指揮官。長期來看，這個改變不僅代表作戰命令下達層級的轉移；更重要的是，由於鐵路運輸成為軍事行動不可或缺的工具，通過對鐵路管理與知識的掌握，實質的作戰計畫制訂已成為參謀本部的特權。
普軍分成四個階段進入波希米亞。第一階段，人員、馬匹、後勤物資集中至各動員中心。第二階段，4個野戰軍以鐵路集結於西里西亞（Silesia）與盧薩蒂亞（Lusatia）。第三階段，從鐵運終點行軍至預定戰場。第四階段，發動攻勢。分配給各軍的鐵路線以每天8-12班列車的運量進行運輸。每個野戰軍負責自己的軍糧草料。司令部與野戰醫院則就地徵用。
