戒嚴時期被列為黑名單的環保署長李應元，1987年解嚴後偷渡回台，逃亡14個月後被逮捕，李應元自嘲，他逃亡時間比陳進興還久，被逮時「心情相當放鬆」。
「回家」對許多人來說是天經地義的事情，但在台灣威權統治時期，卻有許多海外台獨分子因被列入「黑名單」、駐外單位不發給簽證，因而無法回台，必須長期滯留海外。
但1987年解嚴後，出現了一波波海外台獨人士闖關回台的行動，李應元就是其中一名。他在1990年偷渡回台、逃亡14個月之久，靠著各方人馬協助，化名「阿火」走遍台灣各地，連人煙稀少的東部地區，他也有辦法到達、與當地的朋友會面，他更跑到總統府前廣場前拍照並登上黨外雜誌，用種種非暴力抗爭的方式，對抗當權。
「我逃亡的時間比陳進興還久」，李應元回憶，逃亡期間，他運用統計學跟心理學、聲東擊西等方式欺騙情治單位，但沒想到情治單位也同樣用這種方式在追捕他，調查李應元愛看書等特點後，在李應元曾經去過或可能去的地方部下天羅地網，並駐守長達半年之久，等待李應元「自投羅網」。
逃亡時的李應元原本計畫在蔡同榮籌辦的908公投大遊行公開現身，但卻在9月2日在台北市松江路上的「御書園」與友人談事情時被逮捕。
李應元坦承，當時因已逃亡1年多，早已做好現身準備、心情比較放鬆而忘了蓋住臉上的痣，而被情治單位認出來。當御書園裡的人越來越多、李應元發覺不對時，情治單位已走上前並指著他臉上的痣問「你是不是李應元」，李應元從容回答後，就馬上被情治人員帶走。
李應元被情治單位的人押上警備車後，並不特別緊張，但抓他的3個情治人員卻在車上氣喘如牛。李應元了解情治人員的壓力大，甚至拿出口袋中的口香糖請他們吃，反過來安慰他們「我不會為難你們、我不會逃」。
台灣戒嚴長達38年，1987年解嚴之後，台灣社會還未完全解放，仍有部分不合理的法律及體制禁錮著自由和人權，這些李應元眼中的「戒嚴遺緒」中，以刑法100條，被視為惡法中的惡法。
刑法100條規定：「意圖破壞國體、竊據國土或以非法之方法變更國憲、顛覆政府，而著手實行者，處七年以上有期徒刑；首謀者，處無期徒刑。」
李應元等海外台獨人士因違反刑法100條被捕入獄後，已故中研院院士李鎮源、台大教授林山田和前總統府秘書長陳師孟為首的學界，發起「100行動聯盟」，經過多場和平抗爭之後，終於促成刑法100條的修正，讓台灣不再有思想法，民主邁進一大步，李應元等人也被釋放。
解嚴之後，在西元2000年時，李應元被奉派擔任駐美副代表，他也曾向那些代表處同仁說，「以前我自己來申請這個都不准、沒想到現在換我審查別人」。台灣解嚴30年，李應元認為經歷國會改選、總統直選及政黨輪替等之後，台灣民主基礎已經非常穩固，但在民主政治昇華仍有加強空間。
