南明西寧王李定國約鄭成功會師北伐，研判很可能勝利，但是勝了以後是否反而會對鄭家不利？這是鄭成功首要考量的問題。他失約了，有人責怪他，但是最主要的責任，是不是還應該歸到朝廷君臣上面？這是輿論和史家要考量的問題，但再怎麼考量也於事無補。南明與各路義軍終究還是沒能精誠合作，鄭成功兩度北伐，也先勝後敗，僅得保住金門、廈門和沿海一些小島。無奈之下，鄭成功與部下合議決定從荷蘭東印度公司手中奪取台灣，移民屯墾，為以後的反攻建設基地。
荷蘭人約於明朝萬曆二十九年(1601)開始出現在廣東海域，那時他們為獨立建國，正在與西班牙的八十年戰爭(1566-1646)之中，在海上也是亦商亦盜，既打西班牙商船，也試圖攻佔過澳門、澎湖來建立據點，與鄭家和明軍不打不相識以後，經談判而得於1624年在台灣建起了熱蘭遮城（今台南安平）與市街，攻佔原民土地，招募漢人渡台，發展農工商業，而收取重稅，又多有苛待，故不得人心。鄭家與荷蘭人打了多年交道，知其虛實，即於1661年出兵，一邊進行圍城戰與海戰，一邊就在島上開始屯墾，七個多月之後，成功迫使荷蘭人投降退出台灣。這是漢人大規模、成建制入主台灣的開始，也給予了抗清士民新的希望。
然而，此時清廷已將近控制了大陸全境，後鄭芝龍在北京被斬首，隔年南明永曆帝亦被俘殺。鄭成功在憂憤與鬱悶中，悔恨十七年來的各種錯誤與失敗，急病而死，沒能實現進一步從西班牙人手中攻取呂宋（菲律賓）的計畫。世子鄭經繼承了鄭成功的地位與名望，庇護著一眾遺民與士人開始經營台灣──現在終於沒有扯後腿的君臣與友軍了，然而也沒有君臣與友軍了；我們終於可以暫時按自己想法，好好做事，穩定度日，以傳統的忠義維繫彼此，雖然遲早還是要面臨考驗。便如鄭經的詩作：「王氣中原盡，衣冠海外留；雄圖終未已，日夕整戈矛。」這種自我勉勵，大約就是當時鄭氏與遷台士民的想法與處境。
第二節 典章制度使台灣有了正式政權
鄭成功入主台灣後，將本島改名為「東都」，建立一府（承天府，今台南市安平區）二縣（天興縣，今台南佳里區、萬年縣，今台南市仁德區）；鄭經嗣位後又改為「東寧」，改二縣為二州，又增設了三司、四坊、二十四里等行政區劃；以因應人口、地盤的增加和社會機能的複雜化，使遷台士民得以依靠熟悉的制度，安心開墾。
地名的更動，反映的是統治者的意志：「東」是相對於大陸故土而言，「都」即京都，原是期待能迎來皇帝入駐以凝聚大義，然而永曆帝已經來不了了，故再改為「寧」，一方面是向世人表現「安寧下來」的期望，穩定內部眾心，一方面也是放低姿態與清廷和談，希能獨立或至少爭取到朝鮮一般的自治地位。同時，也在檯面上逕行以「東寧國」自稱，作出對等姿態；檯面下又通過賄賂與威懾，穿透清廷在福建、廣東沿海為禁止居民與鄭氏接觸而施行的「遷界令」，持續從大陸得到貨物與移民，總之就是為了自立，靈活地執行著各種兩手策略。
