總統直選符合民主原則，把台灣的民主化往前推進了一大步。但二十年的實踐也暴露了幾個大問題，尤其在兩岸關係上。
問題根源：權力超大、責任超輕、領先就贏
問題根源有三，其中兩個與修憲後的總統權力設計有關，另一個與直選制度的設計有關。二十年前中華民國總統的權力雖大，仍受到行政院長及國民大會的牽制。他對人的領導與事的指揮，常常是透過黨主席的身分才能貫徹。幾次修憲後，總統的權力大幅擴張。行政院長淪為總統的幕僚長，而國民大會更走入歷史，不復存在。黨主席的身分也不再必要。國民兩黨都曾有總統不兼黨主席的先例。一九九六年以後的「總統直選」更給大幅擴權的總統添加更大更亮的政治及道德光 芒，使得他（她）的地位遠遠凌駕於其他政治人物之上。
不誇張地說，今天中華民國總統的權力不只超過內閣制（如英日）的 首相，甚至超過實施總統制的美國總統。如所周知，內閣制的首相身兼國會議員，不論人事、預算、政策，都受到其他政黨的牽制，即使同黨議員都隨時虎視眈眈，準備取而代之，因此首相本人很難恣意妄為，必須經常全方位協調。美國的總統制則是建立在三權既分立又制衡，而地方政府又高度自治的基礎上。白宮主人的人事權、預算權、締約權、戰爭權雖然都大於內閣制的首相，但他的這些權力都受到國會參眾兩院及司法部門經常且巨大的掣肘。所以行政立法的協調也是每天的必要功課。
在台灣，我們的總統幸運得多。他（她）可以隨意任命行政院長及部次長、並掌握全部的軍事及外交大權，不受任何節制。表面上我們像西方國家一樣是三權或五權分立，但行政以外的幾權不但先天不足，而且後天失調，對總統的制衡非常有限。我們甚至常常看到總統假借某種名義，蠢蠢欲動想要掌控其他幾權。如果安倍首相，或川普總統知道台灣最高首長的權力如此之大，恐怕都會羨慕不已。從這個意義上看，台灣直選總統以後的制度，尤其是經過二十年的實踐證明，大概只能用「大總統制」來形容。
更讓外國領袖忌妒的是，我們的總統不但權力超大，而且責任超輕。 選民對他（她）唯一的節制就是四年一次的總統大選。在長達四年的任期內，總統不需要像內閣制的首相經常需到國會去報告並與國會議員辯論，也不需要像美國總統那樣常常召開記者會，針對重大法案、重大政策、重大事件，或外國元首訪問，向媒體及民眾說明並回答質疑。換句話說，我們的總統具有元首崇高的權威，也有最高行政首長的權力，卻完全可以躲起來從幕後操縱全國政策，不必面對立法院、媒體、及民眾的監督。這在全球民主國家中，即使不是獨一無二，也極為罕見。
