軍方原規劃，在「國防科技處」試行運作1年之後，於2018年視實際運作需求情形，先檢討組織編裝效益評估，再研擬成立「國防科技發展室」，DARPA主官擬從現在的軍職，改為十二職等、具博士學位的文官擔綱，副主官則由少將擔任，並將聘用23名專案經理人，預計2017年上半年完成遴選機制。
國防部在向外界說明成立台灣DARPA政策時，還特別以簡報方式釋疑，強調台灣DARPA絕對不是鐽震案翻版，任務也不涉及武器採購，軍方並特別比較台灣DARPA和鐽震案的不同，直指當年成立的鐽震公司，任務就是軍火買賣，成立目的也是專營軍火買賣和升級法系武器；而即將成立的台灣DARPA，任務是先進科技研究，並將國防科技產業化。
國防部說，許多國家已相繼成立類似DARPA機制，如瑞典、新加坡、日、韓及中國，其中，新加坡成立的「未來系統處」，成功使新加坡國防軍轉型為東南亞最先進的軍隊。
遭立委高度質疑 馮世寬坦言規劃不周
不過這項政策遭到朝野立委反對，其中國民黨立委江啟臣質疑台灣DARPA是新版鐽震案，批評軍方要產業整合，為什麼不找經濟部？要發展國防科技為什麼不委託中科院？是否想靠著委託研究轉出、轉入什麼東西，幕後主政者在打什麼算盤，政府應對國人清楚交代，否則很難讓人不聯想到扁時代的鐽震案。
民進黨立委羅致政也認為，台灣DARPA應該是要設在行政院底下，才有能力整合，若設在國防部之下，應該達不到設想的功能，未來是以任務編組還是組織的調整，都應向立院提出說明，要在國會監督下進行，但軍方居然沒向國會議員說明這項政策，反而由國防部自行開記者會對外宣布。
面對朝野立委質疑，國防部長馮世寬曾向立委承諾，台灣DARPA將先以實驗編裝方式進行，如果確實可行，才會以正式編裝方式進行。他也坦承，這項政策遭到朝野立委高度質疑，顯見國防部先前規劃與對外說明都不夠周密。
