財政部提出稅制改革方案，引發外界議論，中央研究院院士、常駐WTO代表團常任代表朱敬一也表示，稅改違反公平原則，「不能接受明顯的不公平，也呑不下去明顯的不公平。」立法院各黨團也對稅改提出批評。財政部表示，稅改是要「建立符合國際潮流且具競爭力之公平合理所得稅制」，在兼顧租稅公平、經濟效率、稅政簡化及財政收入四大目標下做的調整。
稅改四大目標 建立留才租稅環境
財政部表示，稅改是希望「建立符合國際潮流且具競爭力之公平合理所得稅制」，在兼顧租稅公平、經濟效率、稅政簡化及財政收入四大目標下營造「投資臺灣優先」及「有利留才攬才」的租稅環境，廢除兩稅合一部分設算扣抵制、適度調高營利事業所得稅稅率為20%，以及外資扣繳率為21%，所增加稅收用以支應提高綜合所得稅3項扣除額、調降綜所稅最高稅率為40%、實施股利課稅新制及調降未分配盈餘加徵營所稅為5%。
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財政部說明，在提高綜所稅扣除額度部分，依行政院版稅改方案，社會新鮮人年薪37.8萬元、雙薪家庭年薪75.6萬元、雙薪4口之家年薪93.2萬元，可免納綜所稅，各黨團及委員相關提案將綜所稅標準扣除額提高為12萬元至15萬元、薪資所得特別扣除額大幅提高為20萬元至24萬元、身心障礙特別扣除額大幅提高為20萬元、幼兒學前特別扣除大幅提高為12萬元，教育學費特別扣除額提高為5萬元，並增列學貸扣除額、長期照護特別扣除額，雖然減輕民眾稅負，但卻使較有能力者免納所得稅，稅收損失額外增加約471億元。
中小企業營所稅稅率 有違租稅公平
在關於中小企業營所稅稅率維持17%部分，財政部表示，營所稅課徵係依據營利事業所得額高低為計稅基礎，非以規模大小為依據，依《中小企業發展條例》認定標準，其中不乏有營業額高達數百億元、應納稅額數億元等企業，卻適用較低稅率，恐有違租稅公平，且將使稅收損失額外增加248億元。
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為了協助企業取得穩定投資資金及協助中小型與新創企業創新轉型升級，稅改尚調降未分配盈餘加徵營所稅稅率至5%，中小企業稅率維持在17%，卻仍可享有未分配盈餘減稅優惠，其稅負將大幅降為21.15%，與其他獲利未如部分中小企業營利事業比較，顯不公平。
股利所得課稅新制 爭取企業投資人
在爭議極大的股利所得課稅新制部分，財政部說明，按行政院版股利所得課稅新制方式，可抵減稅額之抵減率及抵減金額上限，係參考104年度綜所稅申報戶股利所得的平均可扣抵稅額比例8.4%，以及多數中低所得家戶之扣抵金額訂定，目的在維護其原有權益。至方式二股利按26%稅率分開計算稅額，與其他所得計算之應納稅額合併報繳，該稅率與德國（26.375%）、義大利（26%）分離課稅稅率，及按104年度綜所稅申報資料計算適用30%以上稅率股利所得者有效稅率25.73%相當。以104年度綜所稅申報統計資料估算，適用最高稅率45%之高股利所得者，本次稅改後平均每戶減少應納稅額約422萬元，惟同時取消其原享有之可扣抵稅額平均每戶約188萬元；又調高營所稅稅率3%增加之稅收654億元，按其股利占比計算，平均每戶約多負擔246萬元。
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依立法院各黨團及委員相關提案，將股利所得課稅制度方式的股利抵減稅額比率，提高為10%至20%及限額提高為10萬元至15萬元，將使股利所得者享有較現制更多減稅利益，相較於薪資等造成水平不公平。另外改採分級分離課稅、最高稅率達36%，由於稅制較複雜，企業投資人股利所得兩階段總稅負高達48.8%，將較其他類別所得最高40%為高，於近來各國紛紛進行股利稅制改革，以爭取企業投資人的趨勢不符，恐使台灣喪失與國際競爭的利基。
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財政部說明，以104年度綜所稅申報資料按5等分位家庭所得差距為指標，現制下最高所得組稅後可支配所得為最低所得組12.1倍；依行政院版稅改方案初步試算仍為12.1倍，且稅制改革後，中低所得族群稅負減輕幅度為20.46%，高於高所得族群之10.12%，行政院版稅改方案可達優化稅制效果。
