國族認同台灣長年未解之問題，被問及中華民國主權、治權可否以公民投票決定一事，中研院院士吳玉山今（4）直言，「我個人感覺投票無法解決」，涉及認同的問題，不會因為票的多寡而改變，這需要長期討論、融合、發展，以公投解決主權及治權爭議恐有限制，且中國大陸勢必有強硬反應。
財團法人龍應台文化基金會今舉行「戰爭與和平：夾在霸權之間，中小國怎麼走。」論壇，邀請吳玉山與談，並以烏克蘭在歐盟、俄羅斯搖擺不定為鑑，探討台灣在美中兩強之間的應處之道。與會者發言主題廣泛，除了台灣在國際戰略戰略位置外，亦觸及統獨爭議、兩岸政策。
加泰隆尼亞也有人自認是西班牙人 公投無法解決
談及公投處理主權一事，吳玉山援引近日加泰隆尼亞公投脫離西班牙為例，他表示，加泰隆尼亞內部亦有人認為自己是西班牙人，公投有辦法解決嗎？要毀了他一輩子的認同嗎？接下來恐有所謂的「反投票」；他形容，公投是「原子彈」，不太可能解決問題。
九二共識達到「模糊共識」 模糊是必要
對於如何解讀九二共識一詞，吳玉山則表示，它（指九二共識）作為一歷史發生事件，他贊成國共政府確實達到「模糊共識」，以利後續事務性協商。有人說模糊是它的問題，但從事國際關係者皆知，「模糊是必要」，但重點並非詞彙，而是其基礎所宣稱中華民國才是代表中國的《憲法》、自己是否為中國人等，這才是問題核心，也是一切衝突的根源。
針對台灣統獨爭議，政治人物如何說服台灣民眾？吳玉山表示，政治人物必須先有自覺，他的動作、話語，不能只是為了下一次選舉，如果政治人物只是想要選票、執政權力，不替國家長遠思考，人民寧可不要相信，如果只考慮選票，國家兩三下就玩完了。
吳玉山表示，台灣跟中國最終的政治理念仍有不一致之處，他預期，不論是哪一黨執政，台灣都不會跟中國完全攜手合作。而馬英九兩岸政策不錯的原因，並非中國滿意，但中方仍會向馬釋出善意，否則就憂心會是民進黨執政、台獨執政，這只是「兩害相權取其輕」。
吳玉山解釋，為何在馬英九卸任之際有「馬習會」？為什麼如日中天的中國國家主席習近平要和「跛腳」總統見面、給馬Favor（甜頭）在國際場合平起平坐？就是要傳遞訊息給蔡英文總統，「如果有九二共識，這種場合還是可能發生的。」
最好的人才應用來研究兩岸關係 「沒有國家還研究什麼奈米、基因？」
面臨中國崛起之既成事實，吳玉山也強調，國家應該把最好的人才拿來研究兩岸關係，他在中研院常講一些理工科不喜歡聽的話，表示「兩岸關係是存亡問題，否則研究奈米、基因都沒有用，沒有國家還研究什麼奈米、基因？」他呼籲，國家應加大力度做這件事（研究兩岸），替國家長遠發展著想，不能受政治意識形態影響，這是就事論事，不是喜歡與否的問題。
