蔡政府力推農田水利會由現行「法人制」升格為「公務機關」，未來會長將改由官派，被視為劍指地方派系。不過，民進黨立委蔡培慧卻有不同觀點，改革並非只有會長職務性質的改變，亦有水利會收歸「國有」所需擔負的責任，就是要因應極端氣候的水資源應用，且農耕模式已從「均質化」走向「複雜化」等問題，因此「灌排分離」尤其重要。
農耕「複雜化」 同一水圳種植作物類型不同
出身民團「台灣農村陣線」的蔡培慧指出，所謂的農耕「複雜化」，就是同一水圳所種植的作物類型不同，好比一邊是蘿蔔、番茄、蔬菜，另一邊是稻作，不可能上游農地在下肥，而下面在收成，因此必須透過灌排分離，做統一的規劃。
蔡培慧說，若無灌排分離，可能灌溉這塊田的排水，含有肥料或農藥的水源，會變成下面的灌溉，雖然不至於到污染，但恐難確保水源的穩定度，以往做法是依靠鄰田農民之間的「信任」，但這件事不能永遠處於社會信任，須由統一調度水源的公務機制來處理。
灌排分離度高 爭取納前瞻計畫
談及推動「灌排分離」之難度，蔡培慧坦言，「全部要做可不是開玩笑」，等於水路必須重新設計，好讓灌溉是一個水路、排放是一個水路，因此她也日前積極爭取將之納入前瞻基礎建設計畫，如果未來水利會升格為公務機關，可以針對願意先行的農地來加速進行。
談及水利會的定位，蔡培慧強調，水利會會長必須為農服務，而不是替政治服務，推動官派之改革，就是希望回到原本的初衷，支援土地以及水源的服務。
水權管理 清朝是鄉紳制、日治是國家制
回顧水權管理之歷史，蔡培慧指出，管理組織系統的歷史不斷演變，例如清朝時期是鄉紳制，由地方的地主及農民管理；日治時代是「國家制」，嘉南大圳之父八田與一就是透過國家力量去整治，並延續到戰後重組，因主要是以農業為主，因此農民亦有參與其中、共同捐錢。
蔡培慧進一步說，隨著城鄉差距逐步拉大，部分都市地區的農水路已經在劃編過程變成「建地」，例如過去的台北瑠公圳是現在的新生南路，但發展過程中，卻未將公共資源回歸給國家，因此能掌握水利會者，就握有龐大的財富、資源，亦形成水利會之間的「城鄉差距」。
蔡培慧舉例，水利會之中，台北、桃園、台中、高雄非常有錢，反觀南投、苗栗、彰化、雲嘉南等實際用於農耕的水利會卻很窮。因此，所謂的官派議題，不光只是針對地方派系角力，而升格至「公務機關」，是另有台灣整體農業水資源利用的思考，同時亦須弭平水利會之間的貧富差距。
水利會成公務機關 資產為農所用
此外，蔡培慧也指出，水利會成為公務機關後，所衍生的問題就是「資產」處理，根據農委會規劃，仍是維持「為農所用」，因此散佈在各地水利會的基金會，同樣會收歸國有，並成立獨立基金用於農業；至於原先在水利會服務之人員，亦會確保其權益，保障到退休以及其退休金領取。
蔡培慧也建議，因水利會不是單一縣市或鄉鎮的事情，主要是因河川流域跨縣市，為確保維持地方自主，未來水利會升格後，原先服務的小組長、會員代表將留任，以避免新進用的人員雖有專業，但地方連結性不足。
