眾所皆知，林佳龍從游錫堃之手接下掌門之後，正國會聲勢日漸壯大，儼然成為黨內唯一能與新潮流真正抗衡的派系；然而另一方面，雖然賴清德在陳菊即將卸任後，亦有搖身一變成為新潮流老大哥的態勢，不過由於明年地方選舉，新潮流相當可能失去諸多執政縣市，尤其是南高二都。因此在此消彼長之下，兩派矛盾將必然愈演越烈。
此外，在派系之爭中，林佳龍與賴清德亦有不可避免的個人矛盾，因為兩人都相當可能挑戰2024的總統，且彼此為相互的最大競爭者。也就是說，林佳龍由於2018地方選舉和未來挑戰總統大位的考量，自然不可能犧牲自身利益，採取有利於中央而不利於地方或是自身的政策；而賴清德也不可能向林佳龍退讓，因為退讓只會增加林佳龍和新國會的政治籌碼，反而不利於新潮流及自身發展。
舉例來說，對於同派系的陳菊，即使高雄市府在11月30日要求興達電廠降低生煤用量2成，要求加速改換燃氣機組，賴清德不僅沒有如同抨擊台中市府般批評高雄市府。反而在此前，高雄市政府宣布為減少空汙的高捷三個月免費政策，卻是由行政院所掌控的空汙基金來買單。
也就是說，如果當地方首長與行政院長不同派系，可能在未來競爭，那當地方首長為地方利益而牴觸中央利益時，行政院長就會公開批評，甚至從中作梗；然而若地方首長與行政院長同派系，利益共生，沒有競爭問題，則即使該地方首長為地方利益牴觸中央，則行政院長不僅不會批評，甚至還可能為地方政策埋單。這即表示，民進黨在空污與能源、地方與中央的議題上，會因派系和黨內競爭關係而愈加複雜、矛盾，甚至因此難以解決空汙問題。
三、能源政策與環保政策的矛盾
雖然行政院一再強調民進黨的「非核家園」的能源政策與空汙問題沒有太大關連，賴清德、徐國勇及若干民進黨人士甚至還說我國的空汙來源有1/3是來自於大陸，以此來推卸民進黨在空汙問題上的責任。
然而長期關注空汙議題，過去曾帶頭反雲林六輕的台大公衛學院院長詹長權卻怒斥賴清德的說法根本是誤診，表示說台灣空汙最嚴重的中南部地區，中國大陸汙染源占比根本不到7%。此外，詹也批評賴清德說火力發電只占汙染源2.9的說法%，因為汙染源中會致癌的PM2.5、重金屬、硫化物，其生成原因主要就在於燃煤火力發電，尤其對於電廠附近的居民更是如此。也就是說，不是所有空氣汙染源都會導致癌症，然而導致癌症的汙染源大多數都是由於燃煤發電。
此外，由於民進黨的反核立場，我國核能發電占比也從馬政府2009年18.1%的巔峰一路下滑到2016年的12%，而火力發電也從77%上升到82%。在火力發電是造成PM2.5、重金屬和硫化物等致癌物的基礎下，民進黨自然就很難卸責近來日益嚴重的空汙問題。
