這份情報檔案當中特別提到滯台日人成立了許多積極活動的地下組織，某些人因為他們的積極活動被逮捕，但是大部分日人隱藏在台的組織都沒有被查獲。許多日本人在遣返日本前，都會舉行大型聚會，他們會發表演說，充滿信心地告訴他們的台灣朋友與員工，他們會在兩到三年之內，甚至十年之後，從中國人手中奪回這一切，回到台灣，這種情況在台灣幾乎是人盡皆知的事情。
CIG的報告認為，更嚴重的情況是，原先駐紮在台灣的日軍部隊，藏匿了他們的軍事武器、彈藥與軍事裝備，因為台灣是日軍南進的重要基地，曾經在台灣儲存大量的軍事物資，當日軍在1945年8月突然投降前，這些物資幾乎仍是原封不動儲放著。當國府接收台灣時，只發現了少量的軍事裝備，儘管大眾希望知道究竟怎麼回事情，台灣當局在這方面從未公布過任何訊息，事實上，國府的接收官員因為把心思都花在奪取公共財產與利潤豐厚的企業，沒有注意到日本人在台的叛亂行動。
CIG的報告分析陳儀是國府的親日將領，擔任福建省府主席時，曾配合台灣的日本殖民政府，鎮壓逃到福建地區的反日台籍人士。從這一點看來，陳儀不在乎日人在台的祕密活動，也就不令人感到意外了。
在美國國務院公開檔案當中，1946年6月27日有一份有關從中國遣返日人的報告。對於遣返政策，美國主張所有在華日人都應該盡快遣返日本。美國應當敦促中國當局，留下的日本人必須是基於專業與技術能力的原因，同時這些人過去的紀錄，也必須能夠顯示出對於中國的安全與安全，不會產生任何的威脅，也不會成為讓日本重新開始對中國建立影響力的有利機會，日本軍人的遣返要優先於日本平民。
國務院雖然早已提出警示，顯然台灣在遣返日人的工作方面，因為交通工具的缺乏，以及日人遺留的大量設施，仍需要許多日本技術人員操作，使得遣返工作的很有限，這批為數不少的滯台日人，自然又讓台人原本就醞釀中的反陳儀當局的情緒，產生了火上加油的煽動作用。
美國情報顯示，日軍在台藏匿他們的彈藥與武器，在台灣是公開的秘密，雖然某些被發現，但是台灣當局沒有花很大心思對這件事情進行完整調查。台灣山區有原住民部落居住，根據1930年的人口調查，大約有14萬人，這些原住民被教導日本習俗，在日本殖民政府設立的學校接受教育，日本人對原住民的教化非常成功，他們在各方面都與日本人一樣，某些原住民也與日本人通婚。日本投降後，日本在台灣的殖民政府迅速地將重要的軍事裝備，運到山區原住民部落隱藏，以及其他預定的藏匿地點。一小部分的日本軍事專家隱藏在部落當中，偽裝為原住民，在日軍遣返日本後，他們仍然祕密活動著。日本人躲藏在台灣的山區附近，台灣當局沒有阻止他們的行動，也沒有調查這些事情。日軍能夠成群結隊地在鄉間活動，穿著日本軍服與配戴武器，估計有2000人到5000人。
