另外一點是這些灌區外的土地有許多是邊際土地, 生產條件較差, 分布零散不利重劃,依據農委會的清查統計，有超過65%屬於山坡地和環境敏感區 ，目前有些是利用山區的雨水、泉水貯集，有些地區利用地下水也會造成環境問題，農委會在開始想擴大服務這些灌區農地的水源供應時需要全面性的檢視相關財務與環境影響之可行性。
第二，由政府統籌水資源調配，更有效率；
由於封建管理思維的影響, 我們遇到溝通協調困難的議題常會歸咎於「事權不統一」，繼而提出成立「一條鞭」的管理組織架構, 但是現代社會的業務錯綜複雜, 這種源自古時君主極權思維的一條鞭架構只會使管理更加僵化, 應變更加遲鈍。所以所謂「由政府統籌水資源調配，更有效率」的說法是違犯現代管理思維的, 試問未來如果農業水權管理機關是經濟部 （這是有可能的）, 請問農委會要如何統籌調配? 處於經濟發展壓力下的農委會又有何置喙的餘地? 更遑論位農民維護農業水權。目前因為農業水權核發給人民團體和農民，民間還可以替農委會辦黑臉與經濟部抗衡，未來呢？
之前水利單位也提出水權費的思維, 雖然希望能以價制量, 但是對於水資源這種有限的重要資源, 以定價的觀念管理更容易陷入有錢的是大爺的泥淖, 如果水讓給晶圓廠可以賺大錢, 那還給農業幹什麼? 請晶圓廠撥一丁點盈餘補貼農業損失就大恩大德了，不是嗎？糧食？去買啊！但是萬一發生局部區域天災量價大漲，或是政治因素買不到呢？我們就吃鬆餅（英文wafer是晶圓也是鬆餅）。
如果水利會管理沒效率年年向我要補助, 那我就乾脆收回來自己管理的父權思維, 那就請教育部也規劃把私立學校都改為公立不就可以解決當前少子化後學校存廢的頭痛嗎？
農委會也說改公務機關後運作會更透明, 服務會更有效率。對於公務機關的效率社會與人民心中自有一把尺, 但這不能完全歸咎政府單位, 因為政府單位有社會安全穩定的考量與法制上的節制, 所以才會出現公法人與行政法人的組織,還有民間的NGO來補政府因法規束縛應變較慢的不足，也為什麼國營事業也要民營化, 在這種管理風潮下還要強調大政府的統籌管理思維實不知今夕何夕。
何況水利會的服務範圍遼闊，業務性質特殊複雜，為能服務農民通常在各個區域設置工作站，工作站下再分水利小組（嘉南和雲林水利會因為缺水所以必須推動輪作制度，所以小組下還設輪區，一個小組大約150-200公頃，一個工作站包含2-8個小組不等），但是水利會的實際業務只至工作站為止，其下為小組和輪區是由農民自行管理小組內田間作業事宜，雖設有小組長但非水利會員工，由會員選舉產生為無給職（比較像鄰長），較特殊的是嘉南因水源水量不足，乃以自籌款財源顧用『掌水工』（通常也是農民擔任）處理田間灌溉事務，每年也需要數億元預算更添其財務負擔，試問改制公務機關之後，水利小組業務如何運作?
