該館在92年新館落成初期，由於錯誤的政策決定，曾採Operate-Transfer方式委外營運，結果以失敗收場。後來呢？依據102年1月1日起施行的「編制表」，該館除館長、主任秘書與一般行政人員外，只有組主任三人（第九職等至第十職等）、研究員或副研究員三人與助理研究員或研究助理五人（均依教育人員任用條例規定聘任），此外並無技術人員。
這樣小的編制，當然不可能擔得起《組織法》所賦予的重責大任！更糟糕的是：多年來發展的結果，非但該館的歷任館長及組主任，研究人員裡極少出身自基礎科學科系，新進的人員又多專長在博物館學或「科學教育學」等的非基礎科學學系。以有限的非基礎科學的人力，如何面對如此重大的科學教育的使命？毋怪乎！近年實驗室的空間縮小了，講演與演示減少了，優秀的基礎科學人才流失了，「科教巡迴車」不再被人重視；當然連帶的，造訪人數也減少了。
在組織上，科教館與其他四所科學博物館——國立自然科學博物館（臺中）、國立科技工藝博物館（高雄）、國立海洋生物博物館（屏東）與國立海洋科技博物館（基隆）同隸屬於終身教育司（原社會教育司）。科教館乃竟依《博物館法》被列入「博物館評鑑」。
必須弄清楚：這是一所「科學教育館」，不是「科學博物館」。科學博物館的重點在展覽，在收藏；科學教育館的重點則在教育！當然，科學教育的內涵除科學知識外，還必須重視科學精神與態度的培養。如果相關評鑑人員沒有科學教育背景，說不定會要求科教館更名；而如要符合博物館的評鑑指標，科教館就只能博物館化，也辦起典藏。這樣的話，問題就大了！
請問，前述科教館的《組織法》或《規程》中，哪一條提到收藏或典藏？科教館主要的對象不是青少年嗎？它不是應該要配合並補充學校教育的不足嗎？科學教育不是學校教育裡的重要內容嗎？每年參加「全國中小學科學展覽會」的學子不是在各級學校老師的指導或輔導下完成的嗎？就其屬性與效果言，科教館與其他四間「科學博物館」的任務是有區隔的，它與國民教育署的關係要比其他幾間博物館密切得多！
再說，「探究與實作」這門課是「一〇八課綱」裡特別重視的一門課。然而許多老師為這門課大傷腦筋。為什麼？缺乏題材與想法！科教館理應就是提供所需題材的重要來源。總而言之，教育部重視科教館，當有助於新課程的發展。
我們的教育部難道見不及此？部裡有個「科學教育指導會」，在107年之後還提升層級為由部長召集。該會的任務包括：協助策劃科學教育政策方向，提供諮詢建議等事宜；提供有關科學教育整體發展之建議及專業諮詢等事宜。然而這幾年來，該會到底對科教館有何貢獻或幫助？難道因為該會執行秘書是由「資訊及科技教育司」司長擔任，而科教館隸屬終身教育司，就任隨它去？部長與次長都不屑一管？還是無暇顧及？
