從2019年新冠肺炎被發現以來，2020年開始全球大流行。疫情初始，各界對於新冠肺炎仍有未知資訊，故造成全球性國際、政治、經濟問題性混亂，甚至且對人民生命、健康、財產造成重大影響。由於當時臺灣迅速採取封鎖防疫政策，成功圍堵第一波疫情，渡過難關。不過各種新興狀況迥異於過去防疫經驗，亦使政府治理能力備受考驗，諸如政府機關溝通協調不足、政府決策常隨民意之間搖擺及受政治考量受到質疑與批判。然而隨著疫情一波又一波爆發，從2020年2020年1月起，至2022年5月初日止，臺灣累計確診個案已超15萬人，尤其從2022年4月開始，確診人數即呈爆發性成長。
無論從過去狀況或是國外防疫經驗，早有諸多經驗可供參考。然而民進黨政府對於疫苗採購、防疫政策搖擺是鬆綁或開放，以及防護資源準備不足的問題，直至現在還是持續發生，尤其政府常念茲在茲的超前部署等問題，更是淪為空談。中央與地方政府常處於競爭、衝突與合作關係，而於防疫階段，良好府際關係運作尤為重要，更關乎防疫的順利與成敗。理想上良好府際關係配合，則包含國家政策明確、權責分明、避免資源重疊以及節省成本，以及財政平衡，然而此次雖有中央防疫指揮中心的統籌，卻不時有治理混亂情形，值得關注則有以下幾點
一、中央戰略不清晰，即興式政策，讓超前部署淪為空談
四月初，中央防疫政策是為「清零」亦或「共存」，地方政府希望中央戰略清晰，陳時中卻回應地方政府應「自主應變」，不能說「不知怎麼做」。居隔規定原為「十加七」，在居隔人數爆增，雖然外界人士建議適度縮短，指揮中心卻忽然拍板為「三加四」，決定與病毒共存。地方首長隨之反映，僅三天隔離「連居隔書」都來不及開，指揮中心仍執意進行，不僅被專家質疑缺乏科學合理性，其相關配套與資源整合皆付之闕如，由地方政府與民眾自行處理。匆匆上路的結果，便是地方行政人力不足，政策相關配套不足，亂象叢生。更甚者，中央防疫物資供需如兒童疫苗的採購過慢、快篩試劑供應缺貨等，皆引起民怨，亦被學者批評指揮中心後勤單位失能。從2020年新冠肺炎開始時臺灣所面臨的治理亂象問題，在2022年還是同樣發生，指揮中心夸夸而談的超前部署，實質不堪檢視。
二、中央地方政策執行不同調，彼此信任不足，權責不清
中央公布居隔三加四新制後，六都中，除桃園配合辦理外，其他五都皆有不同看法與做法。新北市急修「居隔轉型試辦草案」，希望直接改成零加七」，台北台中也等不及中央自主回報機制系統五月七日才上線，即日起實施線上疫調回報機制，此外，中央宣布不再公布確診足跡，台南、高雄市均表示會公告。由於各地方首長有其民意與選票壓力，中央與地方有時處於競爭關係，在解決能力的問題上，地方政府處理的速度反應思考甚至比現時防疫指揮中心更為周全，而在此次三加四政策上，卻也展現出，中央與地方政府府際關係協調不順暢，信任不足，權責劃分不清。而此或源自於中央防疫指揮中心快篩、疫苗、居隔等政策皆自相矛盾的防疫亂象有關，或將影響防疫政策執行成效。這也是未來政府在面臨防疫政策的規劃上與府際關係應改善之處。
