１，余生因為論文計畫不理想，所以想要換題目；身為口試委員與國發所所長的陳明通「好心」給他建議，還幫他去徵詢小智讓小智將民調資料給余生用，並建議他換題目寫林智堅。
２，余生有了這些民調資料，再加上阿通師提供了小智初步寫好了的計畫給余生參考。
以阿通師的說法余生的論文是因為在2015年12月計畫書口試時不順利，可能無法在最後一個學期內寫完，建議他改題目，借重林智堅在2014年當選新竹市長期間所做的民調資料（陳老師自己也用了這些民調資料完成一篇論文），讓余生以林智堅做為論文題目焦點。這個時間是2016年1月時。
至於余生這方面，他的律師表示，余並未看過林智堅的論文，也不知道他寫的內容。（小智的計畫書是在2016年5月通過，余生自然看不到小智完整的論文計畫書）至於阿通師表示拿了小智所寫的計畫書給余生參考，計畫書前幾章，尤其是研究設計來給余生參考。兩對照是有出入的。因為余生在2016/1/28寫好了一份初步的論文計畫書資料，而這份資料沒有引註，（余生保留了註解）給了阿通師。2016/2/1阿通師將一份計畫書傳給小智，還請他「有所發揮」（文中還提起上星期六所傳的資料不需要用；而「上星期六」正是2016/1/28。）阿通師和小智兩人一直堅持2016/2/1這份資料內容，是他們提供給余生的「原創內容」，余生就是依據這份資料而在2016/3/8時寄出他寫好的論文計畫書給阿通師。試問：在論文寫作中過程中，余生僅用短短的一個月多一點時間就完成一篇論文計畫書？還是在2015年12月口試後商得指導教授與口委同意後改題目，在2016/1/28完成初步計畫書修改之後，再傳給口委，然後在2016/3/8完成最後論文計畫書，這樣的過程比較合理呢？
冤案疑點二：至於2016/1/28這份資料的內容，顯然阿通師看過，這裡是否就是通堅師生所堅持的2016/2/1「原創內容」，阿通師應是最清楚的一位（應是阿通師有所修改後給小智）。妙的是日後小智的碩士論文竟然有高達33處是與余生完全相似，連錯字都相同。兩本論文最大的差異就是余生的引註詳細且可以找到出處；小智的論文中相關論述的引註卻是沒有；阿通師的聲明則表示：「在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容，只是余生增加一點文獻檢討並引註。」請注意：
１，阿通師的聲明一再調整，像2022/7/22已改成了「讓余正煌使用林的資料，以林智堅作為研究對象」，和2022/7/5所言，「把林智堅的民調資料給余正煌用，並建議他換題目寫林智堅，同時把林智堅當時初步寫的東西（前面幾章，尤其是研究設計）給余正煌參考」已有很大出入。
到了2023/1/12的聲明則變為「在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容，只是余生增加一點文獻檢討並引註。」
