負責國外孔子學院項目、中國漢辦主任許琳2014年接受BBC訪問時表明，所有從大陸送出去的教師，都是會遵守中國法律的中國公民，中國法律不允許老師有權利或自由在大學校園中說「法輪功是正當的」，而這些中國大陸的老師，也一定會說「台灣屬於中國，只有一個中國」。
協會建議稱，如果校方接受孔子學院，就不應該得到美國政府的資助，對中國政府派來的老師限制簽證，以及要求高等院校在接受外國資助時披露有關資料。
美國學者薩姆‧克蘭（Sam Crane）是專門研究儒家學說的專家。他所在的威廉姆斯學院沒有設立孔子學院， 但他曾經到水牛城大學，出席由孔子學院贊助的演講，題為「儒家思想在西方可以走多遠」。
他說，當時沒有受到任何壓力，但他擔心，美國的學府會因為接收中共政府資助而避免討論個別敏感議題。
「如果美國一些設立孔子學院的學府，想討論新疆的『再教育營』問題，孔子學院會否試圖阻止活動舉行？而孔子學院一般對中文課程提供巨額金錢援助，如果引來孔子學院抗議，校方會否避免討論對中共政府而言敏感的問題？」
疑慮二：間諜與情報收集
除了學術自由以外，美國全國學者協會的彼德森也擔心中國的間諜網絡滲透高等學府。她指出，有學校關閉孔子學院時，列明對間諜以及知識產權被盜竊的疑慮。
威廉姆斯學院的克蘭則認為，孔子學院表面上與情報收集等無關，主要是教授中文和文化活動，不過中共統戰部在各學府的活動，增加了外界對孔子學院的質疑，他認為如果中共要發揮軟實力，就最好不要在政治上管制在美國的中國學生。
今年稍早前，美國參議員盧比歐連同泰德‧克魯茲（Ted Cruz）、喬‧威爾遜（Joe Wilson）等，推動立法禁止高等學府的間諜和知識產權盜竊活動，要求孔子學院向美國司法部登記為「外國代理人」，同時又要求學校公開獲海外機構資助的數字，揚言如果學校決定與孔子學院合作，就不能夠得到美國聯邦政府的資助。
美國中期選舉臨近，中美又因貿易戰爆發關係轉差，許多政客或順應針對中國的不滿情緒，以針對孔子學院的行動爭取支持。美國資深媒體人潘文（John Pomfret）7月在《華盛頓郵報》撰文指，目前國會議員的行動是出於政治目的，但針對孔子學院，方向上是「愚蠢」，因為孔子學院主要只是教授語言，就算有灌輸意識形態，相信美國學生也有足夠的批判性思考去應對。
他認為美國政府和國會，應關注「千人計劃」等類似項目，這些計劃是中國吸引美國科學家把發明和技術帶到中國。
