疑點：殺意從何而起？
媒體最先爆出的犯罪動機，是52歲的一等陸曹（相當於士官）菊松安親當時正在斥責兇嫌，他可能受不了壓力而動手；也有媒體報導，兇嫌開槍時大喊的姓名並非三位受害者，或許死者當了替死鬼。等到兇嫌被捕後，他則對警方供稱「開槍目標的就是52歲的教官（菊松安親）」，強調遭到對方斥責。但菊松安親並非兇嫌連上長官，早上9時開始的射擊訓練不過剛開始幾分鐘就出了人命—兇嫌加入自衛隊的兩個半月來遭遇了什麼，可能更值得深入瞭解。警方還說，兇嫌的步槍設定為「單發」（扣一次板機只能射出一發子彈），可見因連射誤擊旁人的可能性不大。那麼兇嫌為何要對其他兩人開槍，行兇動機仍有待釐清。
死者沒穿防彈背心？兇嫌為何提前領到彈匣？
雖然兇嫌為何殺人一時難以釐清，但可以確認的是，當天在射擊場裡的120名自衛隊員（含候補生）均未穿著防彈背心（但有配戴鋼盔），才會在意外發生時造成兩死一傷的慘劇。由於事發後衝出射擊場尋找AED，顯然現場也沒有備齊急救設備。不過自衛隊表示，在射擊場裡戴鋼盔未穿防彈背心的做法均符合規定。
此外，自衛官兇嫌開槍的位置是在射擊等待區，也就是理應尚未領到彈匣的區域。《朝日新聞》與《產經新聞》指出，自衛隊的射擊訓練應該是在學員受命進入射擊位置後，才向助教領取裝有子彈的彈匣裝入槍枝，聽到「準備射擊」的命令時才打開保險，聽到「射擊」命令後才能開槍射擊。射擊場內應嚴格執行「槍口不得對人」、「一個口令一動」的規定，但兇嫌顯然是在進入射擊位置前就拿到並裝好彈匣、打開保險，這並不符合自衛隊的教範，也讓日媒質疑「是否落實安全管理？」
過早恢復射擊訓練？
日野射擊場發生命案後，包括防衛大臣與陸上幕僚長均出面道歉，強調「這不是一個使用武器的組織應該發生的意外」；自衛隊也一度下令全國射擊設施暫停訓練。不過僅僅事隔一天，這項禁令就宣告解除。《產經新聞》批評，政府不該在尚未查明真相的情況下重啟實彈訓練，僅強調各級指揮官應對安全對策做好萬全準備。因為即便自衛隊設有多重安全規定，但這些規定都只能防止意外，而無法防止故意射殺同袍。如果真的是對幹部懷恨在心，就必須先檢討自衛隊的訓練是否有不合理之處。
自衛隊恐更難招募新人
共同通信社指出，自衛隊招募新血一直都不順利。防衛省為此放寬了候補生的年齡限制，希望能夠解決人員不足的問題。問題是訓練是否按照規定，招聘程序是否存在問題，也一直為人詬病。除了岐阜射擊場的兩死一傷，包括今年4月自衛隊的UH-60JA直升機宮古島空難，造成6人罹難、連第8師團長坂本雄一都未能倖免；女性自衛隊員五之井里奈去年遭到多名同袍性騷擾的醜聞，都讓自衛隊蒙羞。
