主要透過《方以智晚節考》與《論戴震與章學誠》中的論文，我發掘了自己的第一個研究興趣：明清之際思想史。我也閱讀梁啟超和錢穆的經典著作《中國近三百年學術史》（同名的兩本書），又根據錢穆《宋明理學概述》的指引，閱讀一些明代中晚期的文集。《方以智晚節考》其實顯現了余老師學術工作的一個特殊風格。這本書寫作的因緣，是再偶然不過了。余老師一九七一年夏天初次到臺灣，無意間聽說學生書局已影印黃宗羲《授書隨筆》問世，老師聽了大感疑惑：黃宗羲此書雖然見於著錄，三百年來無人實際看過，天地間是否曾有此作，也不能確定，為什麼現在能夠出版？後來取得該書，考索後得知，這其實是方以智之子方中履的《古今釋疑》，探討此事過程中，又發現方以智晚節與死節的疑案，老師遂放下考證《古今釋疑》之文，另外撰成《方以智晚節考》這本書。一本書因一篇十餘頁的文章而起，卻先於文章完稿，實在是趣事。余老師的其他研究，也頗有起於偶然事端的，他對陳寅恪、《紅樓夢》、胡適、朱熹歷史世界的探討，都有這樣的性質。余老師對這些課題，偶然發端之後，往往又繼續追索，而終有重大的成果。他不斷透過偶然的機緣迸發出深刻精彩的著述，不能不說是平日素有準備而又習於深思的緣故。
在大學期間，我對余老師另一方面的印象來自他的香港生涯。余老師在香港住過兩段時間，第一段是一九五○至一九五五年，在新亞書院就讀，也活躍於流亡至香港的知識人圈；第二段是一九七三至一九七五年出任香港中文大學新亞書院校長（當時新亞書院是中文大學的成員校之一，一九七七年始降低位階，校長改為院長）。我大一下學期時，在臺大研究圖書館有系統翻讀臺灣幾十年來被黨國體制壓抑而坊間難以見到的雜誌，如《自由中國》、《民主潮》，我也看一些早期的香港雜誌如《民主評論》、《人生》。我注意到余老師到哈佛大學深造之前，在香港發表了很多文章，出版好幾本書。老師是《人生》雜誌的作者，我在該刊的一張作者合照中看到他年輕清瘦的身影。其實，在一九五○年代，余老師大多數文章發表於《自由陣線》和《祖國週刊》，這兩份是自由派（所謂「第三勢力」）的刊物，因為政治因素，難以進口，臺大幾乎都沒有收藏。
余老師香港時期的著作主要討論民主、自由、平等、文明、革命等問題，我沒有讀過書，也許看過幾篇文章，但光從書名和文章題目，就可以看出他的基本關懷和價值取向，他思考中國變局與馬列主義的關係，追求自由、民主的道路。余老師發表作品，除了本名，最常使用筆名「艾群」，我猜「艾群」是「愛群」的諧音，透露了他關心人群集體命運的心情。根據余老師的著作目錄，僅一九五三到一九五五這三年間，他就在香港出版了六本關於近代西方文明與民主問題的書籍，這是非常驚人的，因為他當時正在中國典籍和歷史方面下工夫，也參與雜誌和出版社的編務。這些著作大概都是在深夜不眠中寫出的，除了青年的體力以及賺取稿費謀生的壓力，對真知和理想的追尋也是支持這項工作的動力。
