但是一○七九年，蘇軾在浙江湖州當知州時，出大事了，著名的「烏臺詩案」來了。
關於烏臺詩案的前因後果，各種論述車載斗量，無需本書囉嗦，我們只需要看看蘇轍在此案中的表現。
案發之時，遠在湖州的蘇軾毫不知情，而正在南京應天府（今河南商丘）做簽判的蘇轍因離開封很近，收到好友王詵王駙馬的書信，趕緊派僕人騎快馬飛奔湖州。遺憾的是，那個僕人半道上耽擱，讓抓捕蘇軾的欽差趕到前面。當然，就算僕人能提前趕到湖州，也不可能扭轉案情，但至少可以讓蘇軾有個心理準備。
一○七九年八月十八，蘇軾被押解到開封，當天深夜下了大獄。蘇轍先託京城友人打探案情，然後向皇帝宋神宗上書求情。這篇文章叫作〈為兄軾下獄上書〉，全文有幾百字，我們只摘錄其中最關鍵的幾句：
「臣早失怙恃，惟兄軾一人，相須為命，今者竊聞其得罪，逮捕赴獄，舉家驚號。」微臣早年喪父，與兄長蘇軾相依為命，如今得知他被捕入獄，全家驚恐，痛哭失聲。
「軾居家在官，無大過惡，惟是賦性愚直，好談古今得失。」我哥蘇軾本性並不壞，僅僅是天性耿直，愛發議論，被人抓住把柄。
「臣欲乞納在身官，以贖兄軾，非敢望末減其罪，但得免下獄死為幸。」微臣願意將所有官職還給朝廷，只求陛下開恩，不敢奢望您免去他的罪過，但願您能饒他一死。
蘇轍與蘇軾的兄弟感情向來深厚，這篇文章發於肺腑，絕無水分。
宋人筆記《萍洲可談》記載，蘇軾被捕，驚慌失措，妻兒在後面大哭跟隨，走到湖州西門時，蘇軾朝天高喊：「子由，以妻子累爾！」意思是希望遠方的蘇轍能聽見，自己生死未卜，只能將老婆、孩子託付給蘇轍。
另一部宋人筆記《避暑錄話》記載，蘇軾入獄，未知生死，讓大兒子蘇邁探聽案情，如果聽到宣判死刑的噩耗，就送一條魚到獄中。哪知一個月以後，蘇邁離京借錢，請親戚送牢飯，親戚誤送醃魚。蘇軾見魚大驚，寫絕命詩寄給蘇轍：「聖主如天萬物春，小臣愚暗自亡身。百年未滿先償債，十口無歸更累人。是處青山可埋骨，他年夜雨獨傷神。與君世世為兄弟，又結來生未了因。」詩意很明確，先說將家屬託付給蘇轍，又說希望來生還能和蘇轍做兄弟。
常有學者以「宋朝不殺士大夫」為理由，懷疑以上兩段記載的真實性。其實，宋朝皇帝從來沒有「不殺士大夫」這條祖訓。再翻開《宋史》，宋神宗曾將文官李逢凌遲，宋徽宗曾將王安石的外孫吳侔凌遲，宋欽宗殺死蔡京的兒子蔡攸，宋高宗砍掉太學生陳東的頭，又將「篡位」的大臣張邦昌賜死。到南宋中葉，更有宰相韓侂胄、大臣蘇師旦、狀元華岳等人被殺……所以在烏臺詩案裡，只要皇帝真的動怒，蘇東坡絕對難逃一死。
