而就在居民陳述完意見、交通部簡短回覆之後，林慈玲要求清場但被居民拒絕，她帶委員到另一間會議室吃便當，稍晚就發出新聞稿宣布通過。323戶每一戶的情況都不同，委員基於什麼考量，僅僅只審查一次就通過？
協議不成高達七成，並未實質協議價購
其實委員如果有仔細看交通部提供的資料，光是「協議價購」這項就足以駁回。依土地徵收條例規定，取得土地應與地主協議價購，當地主拒絕協議或協議不成，才能申請徵收，這一條的精神是，需用土地人應該窮其一切努力溝通到對方同意為止，任何其他方法都用了還是非徵收不可才能徵收。
交通部的資料顯示，東區加北區的私有土地共334筆，這次申請徵收是237筆，高達七成要用徵收取得土地，也就是說有七成筆數沒有協議成功。多位居民在會中陳述，原因出在交通部並未跟居民做「實質」協議價購。
陳致曉：我家連來查估都沒來就要協議價購，基本上並沒有協議。我要求提供協議價購公式跟說明，不給，我連怎麼算出來的都不知道，要如何協議？
居民藍律師：協議價購不是形式開會，居民問估價標準什麼，交通部到現在也沒回應，還說107年4月會把完整估價報告上網，到現在一個字都沒有，也沒出具誰做的鑑價報告，然後說這就是我們要跟你做的協議價購金額。
我們發文，交通部回文說：「台端如有意見請於107年7月10日向本局提出，如未於期限內提出，視為拒絕協議或協議不成。」請問什麼時候有任何法律規定，交通部說你要快回覆，否則你們就是拒絕協議價購？
居民說的這些委員都沒在聽嗎？如果是聽了還不處理，那就有行政瑕疵，留下日後行政訴訟的空間。之前包括苗栗大埔等多個土地徵案，都曾因未實質協議價購，未審查公益性、必要性、比例原則，判決官方敗訴。
行政程序問題多，日後將爭訟難了
其他的程序爭議還包括：土地徵收審查還沒完成，去年交通部長賀陳旦(已卸任)、時任台南市長賴清德、得標的大陸工程董事長殷琪，就先舉行動工典禮。
還有，公聽會還在開，居民的土地都已經被分割，住家變成綠園道路(交通)用地，也進行地籍重測、查估民宅，且強調不必經過地主同意就可逕為分割。
南鐵案雖然在官方主導下完成程序，但這件事不會到此為止，如今台面上的官員不會永遠在位，局勢隨時會改變。當年國民黨主導的苗栗大埔案，因為徵收程序有問題，民進黨上台後決定把六坪房子蓋回來，國賠800萬元。
而六年來南鐵案的徵收必要性尚有疑慮，且徵收程序也留下許多爭議，勢必引發爭訟。如果日後南鐵居民勝訴，這300戶要怎麼蓋回來、國賠又該賠多少？（＊作者為獨立記者）
