一九三八年日軍轟炸廣州，十三郎與父舉家逃難到香港。除為香港的粵劇團，如馬師曾的「太平劇團」，繼續編劇，又正式加入香港影圈編導影片。在全港電影界總動員攝製的《最後關頭》，十三郎執導了其中一段。其後獨立執導的作品，尚有改編自他的粵劇名作的《女兒香》（1939），以及縷述塘西名妓花影恨悲慘生涯的《一代名花花影恨》（1940，合導）。最後執導的一部影片是《趙子龍》（1940）。一九三九年，十三郎回廣東於省立藝術院戲劇系教授「戲劇概論」及「國劇研究」。
太平洋戰爭爆發後，「覺先聲劇團」走澳門、往廣州灣（今湛江）入廣西。十三郎亦隨團而往。一九四二年，日軍逼廣西，該團不能繼續演出。時廣州報人，於省會淪陷後，走韶關，十三郎亦走韶關，與蔡逢甲等辦《中國報》，同時參與新靚就在該地組成之「救亡劇團」，直至一九四五年抗戰勝利。一九四六年，內戰爆發，十三郎與湯仲光等在廣州辦《西南日報》，主張和平，針砭時弊。戰火燒近廣州，與一眾報人來香港。據葉世雄的文章說，大約在一九四五至一九四六年左右，靳夢萍曾在廣州市跟十三郎相遇，並共進晚餐，其後不久，十三郎前赴香港，靳夢萍則留在廣州。但在往後的一段時期，靳夢萍突聞十三郎某次在赴港的列車上，墮車受傷，雖經救治，可惜由於腦部受了震盪，大失常性。驟聞噩耗，靳夢萍隨即請假來港，打探他的消息，可惜不得要領。及至靳夢萍移居香港後，上世紀五十年代初的某一天，在金鐘兵房附近，突然遠遠見到一個蓬頭垢面的人，一隻手攬抱着一堆殘舊衣物，最顯著的是左右兩腳各穿着一隻不同顏色的鞋，彳亍而行，一面還唸唸有詞地在說些什麼。靳夢萍認得他就是南海十三郎，當下看著，不禁感到一陣心酸，待彼此距離近了，才向他打個招呼，不料他瞪目望着靳夢萍，目光帶點茫然，並問靳夢萍是誰，及聽了靳夢萍自道姓名，仍然全無反應。靳夢萍本來想跟他多談一些，但他卻頭也不回地徑自走開。
汪希文在文章中亦說：「最可惜者，南海十三郎後來患了相當嚴重的精神病，變成廢人，終日流浪街頭，囚首垢面，類於叫化子，薛覺先聞而憐憫之，招呼其在大坑利群道寓所，以車房給他住宿，佈置有桌椅床舖；衣服鞋襪，亦煥然一新。每餐命僕婦送飯菜至車房，當作『老大爺』供養，一茶一煙之奉，尤其餘事。經過了一個時期，相當舒服，身體亦漸康復。薛覺先不忘本，能以友誼為重，這是薛覺先之厚道處。大抵男子漢的胸襟比較寬闊，女子的胸襟，多數較狹窄，薛妻唐雪卿，看見如此長久負累，不免吝嗇，漸漸對南海十三郎不滿，加以白眼，女傭看女主人的顏色，自然更加無禮，南海十三郎雖然有精神病，仍有三分清醒的，乃不辭而行，依然流浪街頭，形容憔悴。」
