三讀通過後，行政院提出的覆議案又遭在野黨以人數優勢否決，總統、行政院、監察院、民進黨立院黨團相繼聲請釋憲及暫時處分，目前大部分法條暫時凍結，全案仍在憲法法庭審理中。預計是否違憲的宣判將會不晚於11月出爐。
台灣東海大學政治學系教授張峻豪向BBC中文表示，賴清德很清楚朝小野大的局面，必定使他施政遇到挑戰，但比起在國會內對抗在野黨，賴清德的「當務之急」是要「快速提升支持度」。
賴清德以近600萬選票，得票率40.05%當選，不僅遠低於蔡英文第二任817萬票、57.13%的得票率，少於五成的得票率，讓賴清德成為20年來勝選得票率最低的總統。
張峻豪認為賴清德近期的「打貪揭弊」，讓他的支持度獲得顯著提升。
7月6日，賴清德上任47天，前桃園市長、曾任行政院副院長、時任海基會董事長的民進黨高層鄭文燦爆出貪污，證據指出他涉嫌在2017年桃園市長任內參與土地弊案。 五天後鄭文燦遭法院收押禁見，隨即被民進黨廉政會停權3年。8月21日，被視為「賴清德子弟兵」的民進黨立委林宜瑾涉嫌詐領助理費，遭檢調單位搜查。
張峻豪分析認為：「這種無差別式的打貪，更加可以去形成他民意上的正當性。」他進一步預測稱，未來賴清德可能會對民進黨官員疑涉貪污的重大案件重啟調查，例如新冠疫情期間台灣本土的高端疫苗（Medigen）開發案中可能涉貪的官員。
能源轉型：非核與減碳的挑戰
賴清德在就職演說中，兩度提到「能源轉型」，顯示這是他的施政重點之一。
台灣政府投入能源轉型，是順應2015年法國巴黎氣候會議(COP21) 的減碳需求，並協助企業對社會大眾、客戶、政府的減排承諾。世界各國逐步對高碳排企業課徵碳稅。台灣以出口為導向，企業必須積極減碳確保產品競爭力。
蔡英文2016年第一任期提出以2025為目標，推動非核、提升天然氣佔比、開發更多太陽能和風力發電等能源轉型政策；賴清德的「第二次能源轉型」則將目標放眼2050年達到淨零排放，加速開發更多再生能源，並且要在大力發展半導體、AI等高用電需求的產業下，確保供電穩定。
8月8日，賴清德上任80天，「國家氣候變遷對策委員會」召開第一次會議。台灣環境規劃協會理事長趙家緯接受BBC採訪時，形容「這個委員會是台灣史上最高級別的討論，」以往沒有總統以召集人身份開過類似會議。
同一天，行政院通過「深度節能推動計劃」，預計4年投入353億新台幣（11億美元），促進節電206億度。環境學者認為，投入的資金和計劃規模，顯示政府節能的決心。
而近年再生能源發電不如預期，供電穩定的風險上升，使得「核電廠延役」再度引發討論。國民黨、民眾黨等在野黨立委，今年上半年提出《環境基本法》修法，為核電機組延役鋪路。
根據地球公民基金會董事長李根政的長期觀察，目前賴清德政府仍是「依法朝非核家園邁進」，沒有因為產業大佬的呼籲、在野黨立委或民意的壓力，出現政策轉彎的跡象。
對照賴清德就職演說和上任一百天的施政成果，學者張峻豪指出，賴清德演說內容提到很多政策，包含應對高房價、打擊詐騙，甚至是改善被稱為「行人地獄」的交通亂象。「他提出這麼多的改革的戰線，開出這麼多改革承諾的時候，將來是不是做得到？一百天過後，這些問題可能會一個個被檢驗。」
