即便如此，尼古拉二世還是能左右俄國外交政策的具體動向，尤其是一九○○年前後期間。十九世紀九○年代末，俄國對中國進行經濟滲透。但領導階層並不是所有人都滿意這項遠東政策，有些人對巨額的基礎設施建設和軍事投入表示不滿；還有一些人，例如陸軍大臣亞歷克塞．庫羅帕特金（Aleksei A. Kuropatkin），則認為遠東政策分散俄國對西方主要地區的注意力，尤其消耗對巴爾幹地區和黑海海峽問題的精力。而尼古拉二世認為，俄國的未來不僅在塞爾維亞，還有遠東地區，最終支持遠東政策的人還是超過反對者。儘管最初有些擔心，但他還是對一八九八年奪取中國遼東半島旅順港的軍事計畫予以支持。在朝鮮問題，尼古拉二世支持軍方對該地區進行滲透，結果導致聖彼得堡和東京的利益衝突。
尼古拉二世對政策的干涉是以非正式聯盟的形式展開，而非循體制內管道來制定並執行決策。例如，他與貴族企業主保持密切關係，這些商人在朝鮮鴨綠江擁有林場特許權。鴨綠江林場的大資本家別佐布拉佐夫（A. M. Bezobrazov）以前是一名騎士，他憑藉與沙皇的私人關係，以鴨綠江為平臺，用非正式手段擴展俄國在朝鮮半島的勢力。一九○一年，財政大臣賽吉．威特（Sergei Witte）表示，別佐布拉佐夫與沙皇「一週至少要見面兩次，見一次面就要談四小時」，為沙皇提供遠東政策的建議。大臣對這些在朝堂上舉無輕重的局外人的參與十分憤怒，但對他們越來越大的影響力卻束手無措。在這種非正式關係的影響下，沙皇決策時變得越來越偏激。「我並不想要朝鮮，」一九○一年尼古拉二世對王子亨利說：「但我也不會允許日本長期待在那裡。這會成為開戰的理由。」
不久之後，尼古拉二世任命遠東總督以便加緊控制。總督不僅要負責遠東地區的民政和軍事，還要與日本斡旋。該機構的總負責人是亞歷西耶夫（E. I. Alekseev），他直接受命於沙皇，因此得以避開大臣意見的左右。這項任命是由別佐布拉佐夫為首的小團體策劃，他將此視為繞開外交部的手段。最終，俄國的帝國政策是在正式與非正式兩條平行軌道上展開，雙方相互競爭，尼古拉二世便可從中選擇。海軍上將亞歷西耶夫沒有外交經驗，對此也不甚了解，因此他不友善、固執的作風必然會與日本疏遠，甚至激怒對方。尼古拉二世是否明確的要對日本發動戰爭，我們無從知曉，但他必須對一九○四年的戰事及後續災難負最大責任。__日俄戰爭爆發前，沙皇的影響力十分強大，而大臣們卻一直遭到打壓。但這種情況並沒有持續很久，因為戰爭帶來的毀滅性打擊讓他無法再主導一切。失敗的消息接踵而至，國內社會動盪不安，以賽吉．維特（Sergei Witte）為首的大臣提出聯合政府構想，並推動一系列改革措施。權力轉移到大臣會議手中，帝國第一次朝向主席或是總統的體制。在維特和他的繼任者史托里賓（P. A. Stolypin，一九○六至一九一一年）努力下，外交決策在某種程度上開始與沙皇的初衷背道而馳，反對進行侵略性的干涉外國事務。史托里賓是非常有決斷力、智慧和魅力，且勤奮的官員，他以個人能力打動大部分大臣，讓政府的權力提高，但在一九○五年之前，人們還沒有意識到這一點。史托里賓主導的幾年中，尼古拉二世「很奇怪的從各種政治活動中消失了」。
