前面提到的第二次大戰後，對「通敵者」和「協力者」所做的「狂野式的正義」或「私刑式的審判」，如就地槍決、公開羞辱等，在近年對轉型正義的追求中，一般而言已不再發生。可是近代轉型正義對加害者的某些追究方式，仍然有許多爭論。例如對前政權的公務人員做「除垢」（lustration）、「整肅」（purge）或「素行檢查」（vetting）的措施，而這些措施有時候通稱為「行政正義」。
整肅是以「類別」為對象，將體制中某一階層以上的全體員工自政府部門中解聘。最典型的例子是德國統一之後，前東德的法官和檢察官將近一半失去先前的工作，另外有四萬二千名政府官員被革職。
除垢或素行檢查則以「個人」為對象，審查過去曾經在特別容易侵害人權的機構個別成員，特別是其負責人。其措施包括：一、對公職候選人過去的行為做審查；二、沒有通過審查者，剝奪其候選人資格；三、對過去有侵害人權紀錄的公務員與公職人員，解除其職務。例如捷克在一九九一年通過的《除垢法》規定：曾經在共產獨裁政權中任職於情治系統、司法機構、軍隊、警察、情治機構、國家銀行、國有媒體、國營企業、大學、國家科學院的人，都是除垢的對象。這些體制中的高級員工五年內（即一九九六年之前）不得在政府、學術部門、公營企業中擔任某個層級以上的職位。波蘭的《除垢法》規定，所有在民主政府中具有下列職位的人，都必須簽署除垢聲明，表明他們過去沒有侵害過人權：總統、國會議員、部長、行政機關首長、地方行政首長、法官、檢察官、媒體某種層級以上人員。聲明由特定機關審核，沒有通過者則剝奪其公職。
可是哪些行為需要除垢？哪些人的素行需要加以檢查？聯合國的「素行檢查導引」（Vetting Guidelines）列出下列行為：種族屠殺、戰爭罪行、違反人道罪行、非法處決、刑求或殘酷、非人且屈辱的對待、強迫失蹤、奴役。「這些都是嚴重的罪行，它們顯示欠缺人格正直，也根本影響一個人從事公職的可靠性。」可是，要劃出行為的具體界線卻不容易。一個警察接受命令將人權工作者送到情治機關，而後者在當地受到刑求，該警察是否和刑求者一樣必須除垢或被檢查？由於界線不容易劃清，除垢和素行檢查因此也經常受到政治的干擾。
除了界線不易劃定，資訊的可靠性也經常造成紛爭。因為祕密警察經常為了表功或滿足上級的要求，而不分辨地將其接觸過的人都列為線民。許多曾經反抗暴政的人，後來竟然出現在祕密警察的檔案中，成為線民。這對其一生的節操和令譽，都是無情的打擊，可是卻百口莫辯。
