老企業逃過一劫？控股現象的「一國多制」
「財團法人控股條款」因為排除了醫療、教育與宗教財團法人，讓不少檯面上大企業「逃過一劫」，但卻可能衍生「一國多制」問題。
舉例來說，許文龍家族的奇美實業，係透過奇美文化基金會與文龍文化藝術基金會進行控股，持股比率分別為3.97%、2.59%；尹衍樑家族的潤泰全球，係透過唐獎教育基金會與尹書田醫院控股，持股比率為2.66%、2.32%。上述基金會合計持股皆達5%水準，但因為分散持股，反而避開了「財團法人控股條款」規定。
事實上，財團法人控股化，對早期掛牌的上市櫃公司非常普遍，以陳敏賢家族的東南水泥為例，陳家就透過3個基金會「控股」，除了福康文教基金會、陳趙樹公益慈善基金會持股逾5%之外，東南文化基金會持股比率也有4.35%；其他透過財團法人控股的，還有中化集團的王民寧先生紀念基金會（持有中化3.5%）、義聯集團的義大醫院（持有燁輝3.32%）；聯華神通集團的育秀教育基金會（持有聯華食品3%股權）。
律師劉昌坪：不該訂定上限一體適用
理律事務所律師劉昌坪表示，財團法人投資企業股票，很多歷史悠久，從財團法人財務監理角度，應該授權由各目的事業主管機關，依據財團法人之公益性質，訂定合理的投資上限，不該透過《財團法人法》訂定上限一體適用。
法界人士認為，立委訂定「控股條款」，當初的立法目的如果是為了導正財團法人「控股化」問題，那麼《財團法人法》第1條，允許醫院、私校與宗教團體適用其他特別法的規定，很明顯地讓「控股條款」打了很大的折扣，況且，如果將《財團法人法》逐條比對，第19條的文義解釋就是「財團法人對單一企業持股上限，不得逾5%」，衛福部與教育部主張醫院、私校排除適用，未來也不見得可以說得通。
劉昌坪表示，《財團法人法》除了「控股條款」之外，其他針對政府接收日產成立財團法人，未來得強制收回之規定，目前在法界也有很多人質疑。
以政府累計捐助金額達50%以上之「公辦財團法人」為例，很多財團法人因為年代久遠舉證困難，很難舉證政府歷年累積捐贈比率，從憲法保障人民集會結社自由角度，政府如果要強制收回，必須課以更高的舉證責任，不是在立法過程，用偷天換日手法，把舉證責任轉置給民間機構。
